Este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica de alimentos prontos para o consumo, distribuídos em escolas atendidas pelo Programa Nacional de Alimentação Escolar, em Salvador-BA. Realizou-se um estudo transversal, com a participação de 83 escolas das redes estadual e municipal. Foram coletadas e analisadas 96 amostras quanto à contagem de micro-organismos aeróbios mesófilos (CAM), estimativa do Número Mais Provável (NMP) de coliformes termotolerantes/ Escherichia coli e pesquisa de estafilococos coagulase-positiva (SCP). A CAM variou de <1,0 a 6,3 log UFC/g ou mL, valor médio de 3,2 log UFC/g ou mL; 10,8% das escolas apresentaram alimentos com contagens superiores a 5 log UFC/mL ou g. O NMP de coliformes termotolerantes variou de <0,47 a >3,38 log NMP/g ou mL, valor médio de 0,49 log NMP/g ou mL; 20,4% das escolas apresentaram amostras não-conformes, sendo 2,4% das amostras positivas para E. coli. SCP foi detectado nos alimentos de 26,5% das escolas. Os alimentos servidos na rede estadual apresentaram valores de contaminação por CAM e coliformes termotolerantes significativamente maiores (p<0,05) quando comparados aos alimentos fornecidos na rede municipal. Os resultados evidenciaram condições microbiológicas insatisfatórias dos alimentos, em parte expressiva das escolas investigadas, o que indica a necessidade de medidas corretivas.