Selection of Genetic Markers to Determine Diversity in Theileria annulata Populations after Recombination

Abstract

ÖZAmaç: Theileria annulata popülasyonlarında rekombinasyon sonrası oluşacak genetik çeşitliliğin ve rekombinasyonun yoğun olduğu kromozomal bölgelerin tespit edilmesi amacıyla kullanılacak polimorfik mini ve mikrosatellite markerlerin belirlenmesidir. Yöntemler: Markerlerin belirlenmesi amacıyla Unipro UGENE programı kullanılmıştır. T. annulata'nın rastgele karıştırılmış genomik dizilimlere göre gerçek DNA diziliminde 10 kat fazla tandem tekrar (TR) belirleyen skor, eşik değer olarak belirlenmiştir. Tekrarlı motif benzerliği %96-100 arasında bulunan, minimum tekrar sayısı en az üç ve minimum tandem boyutu minisatellite bölgeler için en az üç nükleotid ve mikrosatellite bölgeler için en az altı nükleotid olan TR'ler suffix array algoritması kullanılarak tüm genom boyunca taranmıştır. Bulgular: Tarama sonrası 359 minisatellite ve 8973 mikrosatellite bölge belirlenmiştir. TR'ler tüm genom boyunca tek tek taranarak; T. annulata'nın kromozomları üzerindeki yerleşim yerlerine, motiflerin benzerliğine (>%96), tekrar sayıları ile tek bölgeyi temsil etmesine, bölgelerin uzunluklarına (<1500 bp) ve primer tasarlanmaya uygun korunmuş bölgeler içermesine bakılarak mini ve mikrosatellite bölgeler belirlenmiştir. Belirlenen bölgeleri çoğaltmada kullanılacak primerler, korunmuş bölgelerden tasarlanmış ve her bir primer, T. annulata'nın farklı izolatları kullanılarak değerlendirilmiştir. Sonuç: Bu çalışmada, T.annulata popülasyonlarındaki çeşitliliğinin belirlenmesi amacıyla daha önce belirlenen markerlere ilave olarak kullanılabile-cek, farklı kromozomlar üzerinde bulunan toplam 13 mini ve mikrosatellite marker seçilmiştir. Anahtar Kelimeler: Theileria annulata, rekombinasyon, satellit marker Geliş Tarihi: 17.06.2016Kabul Tarihi: 21.12.2016 ABSTRACT Objective: Selecting polymorphic mini-and microsatellite markers to determine genetic diversity and chromosomal regions exhibiting elevated rates of recombination in Theileria annulata populations after recombination. Methods: The Unipro UGENE software was used to select markers. A score at which 10 times more tandem repeats (TRs) were identified in the real DNA sequence than those in the scrambled sequences of T. annulata was used as the cutoff. TRs containing minimum three nucleotides in length for microsatellite and six nucleotides for minisatellite regions and having a repeat motif identity between 96%-100% with the unit size repeated minimum three times were screened through the whole genome using the suffix array algorithm.Results: A total of 359 minisatellites and 8973 microsatellites were identified. TRs were screened one by one through the whole genome; mini-and microsatellites representing a single region and having suitable regions for primer design were selected based on their localization on T. annulata chromosomes, their repeat motif identity (>96%), and their repeat length (<1500 bp). The primers used to amplify selected candidates were designed, and each primer was used to check 27 different isolates of T. annulata. Conclusion: In the present study, a total of 13 po...

Infection dynamics of Theileria annulata over a disease season following cell line vaccination

“…A total of 23 polymorphic mini-and micro-satellite markers were used to genotype parasite isolates, as described previously (Bilgic et al, 2017;Weir et al, 2007). These included 14 microsatellites (Tmsc 1,31,33,37,45,48,68,75,77,86 and TS 5,9,12,16) and nine minisatellites (MSC 8,19,and TS 6,8,15,20,25,31) distributed across each of the four chromosomes of the T. annulata genome.…”

“…These included 14 microsatellites (Tmsc 1,31,33,37,45,48,68,75,77,86 and TS 5,9,12,16) and nine minisatellites (MSC 8,19,and TS 6,8,15,20,25,31) distributed across each of the four chromosomes of the T. annulata genome. The reagents required and thermocycler conditions selected for PCR amplification have been previously described (Bilgic et al, 2017;Weir et al, 2007), except in the present study the PCR primers were not fluorescently tagged.…”

Development of an effective microsatellite marker system to determine the genetic structure of <i>Meriones meridianus</i> populations

“…Microsatellites are characterized by short tandem repeats (STRs) of 1 to 6 nucleotide motifs, which widely spread in a random manner throughout the eukaryotic genome. They are commonly used in a wide range of applications, such as the evaluation of genetic diversity and population structure patterns [3,16]. In previous studies, microsatellites have also been used as biomarkers for monitoring heritable traits in rodents [7,33].…”