Mimagoniates rheocharis é endêmica do Brasil e ocorre nas bacias dos rios Maquiné, Três Forquilhas, Mampituba e Araranguá, região costeira entre o sul do estado de Santa Catarina e o nordeste do estado do Rio Grande do Sul. A Extensão de Ocorrência (EOO) foi calculada em 17.294 km². A espécie é sensível a mudanças na qualidade da água, sendo dependente da vegetação marginal. A diminuição da cobertura florestal da Mata Atlântica na região afeta a espécie, no entanto não há informações sobre fragmentação severa da população e não é possível delimitar o número de localizações. As principais ameaças decorrem da remoção da vegetação ripária e da perda da qualidade da água por impactos da suinocultura em algumas regiões, o que caracteriza o declínio da qualidade do habitat. Dessa forma, por se aproximar da categoria Vulnerável pelo critério B1b(iii), Mimagoniates rheocharis foi categorizada como Quase Ameaçada (NT).