Proteomic approaches to analyzing hepatitis C virus biology

Abstract

Hepatitis C virus (HCV) is a major cause of liver disease worldwide. Acute infection often progresses to chronicity resulting frequently in fibrosis, cirrhosis, and in rare cases, in the development of hepatocellular carcinoma (HCC). Although HCV has proven to be an arduous object of research and has raised important technical challenges, several experimental models have been developed all over the last two decades in order to improve our understanding of the virus life cycle, pathogenesis and virus-host interactions. The recent development of direct acting-agents (DAAs), leading to considerable progress in treatment of patients, represents the direct outcomes of these achievements. Proteomic approaches have been of critical help to shed light on several aspect of the HCV biology such as virion composition, viral replication, and virus assembly and to unveil diagnostic or prognostic markers of HCV-induced liver disease. Here, we review how proteomic approaches have led to improve our understanding of HCV life cycle and liver disease, thus highlighting the relevance of these approaches for studying the complex interactions between other challenging human viral pathogens and their host.

Possibilities of using proteomic analysis in infectiology

“…Острая инфекция часто прогрессирует и переходит в хроническую форму, возникают фиброз, цирроз и в редких случаях -гепатоцеллюлярная карцинома. Несмотря на то, что вирус гепатита С является сложным объектом исследований, в течение последних двух десятилетий было разработано несколько ýкспериментальных моделей для улучшения понимания жизненного цикла вируса, патогенеза и взаимодействий вируса и человека [30]. Протеомные исследования внесли огромный вклад в изучении патогенеза поражений при вирусном гепатите С: изучены состав вириона, репликация и сборка вируса.…”

“…Протеомные исследования внесли огромный вклад в изучении патогенеза поражений при вирусном гепатите С: изучены состав вириона, репликация и сборка вируса. Учитывая изложенное, протеомные исследования следует считать ценными инструментами для расшифровки взаимодействия вируса с его хозяином и улучшения тактики ведения и лечения пациентов с вирусным гепатитом С [30].…”

A Proteomic Approach to Study the Biological Role of Hepatitis C Virus Protein Core+1/ARFP

“…Nonetheless, additional work is required to clarify the mechanisms whereby Core+1/ARFP interferes with innate immune responses. Proteomics has been used extensively to identify cellular pathways perturbated by viral proteins and virus biology [ 35 , 36 ].…”

Hepatitis C Virus Infects and Perturbs Liver Stem Cells

“…Many studies use cell-culture-adapted strains in a Huh 7-derived hepatoma cell line with defective interferon signaling. However, these cells lack proper cell polarity and display abnormal lipid metabolism (Wakita et al, 2005, Steinmann and Pietschmann, 2013, Catanese and Dorner, 2015, Douam and Ploss, 2015. Hepatocyte-like cells from human induced pluripotent stem cells (iPSCs) would offer a more physiological model (Wang et al, 2019, Wu et al, 2012, Carpentier et al, 2014, Schwartz et al, 2012, Schobel et al, 2018.…”