A conquista por uma saúde de qualidade e um sistema público de saúde que atenda às necessidades dos povos indígenas, tem sua trajetória permeada por lutas e pela sua inserção na participação popular e social nos debates da reforma sanitária, ainda na década de 70, no Brasil. Este trabalho está estruturado em duas seções, além da introdução e das considerações finais. A primeira diz respeito sobre a participação social, participação popular e a saúde indígena, busca traçar brevemente um histórico da participação social e sua consolidação com a implementação do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena (Sasi) em 1999. A segunda seção, trata especificamente sobre o controle social da saúde indígena, com ênfase no período de pós criação da Secretaria Especial de Saúde Indígena (Sesai). O objetivo desse artigo é refletir sobre os processos de estruturação formal e informal das organizações e os desenhos participativos dos povos indígenas nas estruturas institucionalizadas pelo Estado. Foi utilizada metodologia qualitativa por meio de uso de um operador booleano “and”, sem filtro de tempo, com descritores: “participação social”, “controle social”, “participação popular” e “saúde indígena”, além de legislações sobre a temática. Os resultados apontam para um uma trajetória de avanços e retrocessos, mas que vem se consolidando ao longo dos anos, apesar das dificuldades pós golpe político de 2016, culminando em 2018 com a tentativa de deslegitimar os espaços de participação e controle social no País. Concluímos ser importante que os povos indígenas busquem estratégias para que cada vez mais as organizações, os movimentos, o controle social e sindicatos indígenas participem e ocupem espaços de articulação e de tomada de decisão, a fim de reivindicar a manutenção de seus direitos visando aprimorar e propor políticas públicas que lhe afetam diretamente e lhe assegurem o bem viver.