Terumbu karang merupakan ekosistem yang unik dan kompleks di perairan, serta menjadi penyangga kehidupan bagi biota di sekitarnya. Namun dibalik fungsi dan manfaatnya yang besar, terumbu karang merupakan ekosistem yang rentan terhadap perubahan kualitas lingkungan. Salah satu parameter lingkungan di perairan adalah parameter hidrooseanografi yang meliputi arus, gelombang, pasang surut dan sedimentasi, dengan pertimbangan tersebut perlu dilakukan penelitian hubungan antara parameter hidrooseanografi dengan karang. Hal ini dikarenakan adanya perubahan kondisi hidrooseanografi akan mempengaruhi kondisi perairan. Perairan Selat Sempu merupakan perairan yang memiliki karakteristik unik karena berada di antara struktur batuan karst dan berbatasan langsung dengan Samudera Hindia. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kuantitatif dengan pengumpulan data in situ dan ex situ, serta metode analisis menggunakan metode analisis PCA. Hasil parameter kecepatan arus pada daerah ini termasuk dalam kategori cepat dengan nilai 0,16 -1,32 m/s. Sama halnya dengan arus, nilai gelombang juga menunjukkan nilai yang cukup tinggi dengan rata-rata tinggi signifikansi 47,62 cm. Jenis pasang surut di perairan ini adalah pasang surut campuran ganda miring dengan laju sedimentasi yang relatif tinggi hingga 181 mg/cm 2 /hari. Nilai persentase tutupan karang pada masing-masing menunjukkan nilai tutupan yang kurang baik dengan nilai persentase tutupan karang hanya berkisar 5-18% dan menunjukkan hubungan yang tidak terlalu signifikan dengan parameter hidro-oseanografi. Dari hasil analisis PCA didapatkan hasil antara parameter hidrooseanografi dengan tutupan karang pada daerah Perairan Selat Sempu terdapat hubungan yang kurang signifikan karena nilai keeratan hubungan berada di bawah 0,5. Hal ini menunjukkan bahwa parameter hidrooseanografi tidak mempengaruhi secara signifikan pada proses pertumbuhan tutupan terumbu karang.