Penelitian tentang isolasi bakteri rhizosfer pada tanaman nilam (Pogostemon cablin Benth.) telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat bakteri rhizosfer tanaman nilam yang berpotensi sebagai penghasil senyawa antibakteri terhadap bakteri penyebab infeksi saluran pencernaan. Tahap pertama, dilakukan isolasi bakteri yang berasal dari rhizosfer tanaman nilam. Uji skrining antibakteri dengan metode tanding, diperoleh isolat IBRN-3 dan IBRN-5 menghambat pertumbuhan semua bakteri uji. Isolat IBRN-3 dan IBRN-5 difermentasi. Hasil fermentasi diesktraksi dengan pelarut etil asetat menghasilkan ekstrak etil asetat fermentat kering. Dilakukan identifikasi Kromatografi Lapis Tipis terhadap ekstrak etil asetat IBRN-3 dan IBRN-5 menggunakan eluen kloroform: metanol (8:1) dan diilanjutkan dengan uji KLT-Bioautografi. Diperoleh hasil bercak pada IBRN-3 dengan nilai Rf 0.93 menghambat bakteri E. coli, S. aureus, nilai Rf 0.82 menghambat B. subtillis, S. dysenteriae, nilai Rf 0.64 menghambat S. aureus dan S. thypii, nilai Rf 0.89, 0.36, 0.24 menghambat S. dysenteriae, nilai Rf 0.84 dan 0.74 menghambat S. aureus. Sedangkan untuk IBRN-5, diperoleh bercak dengan nilai Rf 0.91 menghambat B. subtillis, E. coli S. thypii, nilai Rf 0.95 menghambat S. aureus, S. dysenteriae, nilai Rf 0.84 menghambat B. subtillis, S. thypii, nilai Rf 0.83 menghambat S. dysenteriae, dan nilai Rf 0,74 menghambat S. thypii. Disarankan menggunakan dosis isolat bakteri rhizosfer tanaman nilam yang sesuai untuk mencegah infeksi saluran pencernaan.