Plasticity of the histone H2A genes in a Brazilian and six Colombian strains of Trypanosoma cruzi

Thomas, M. Carmen; Olivares, Mónica; Escalante, Marcela; Marañón, Concepción; Montilla, Marleny; Nicholls, Santiago; López, Manuel Carlos; Puerta, Concepción J.

doi:10.1016/s0001-706x(00)00061-9

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“…No obstante, estos resultados pueden explicarse con base en la variabilidad cariotípica detectada entre cepas pertenecientes a los grupos I y II de este parásito. Es así como, por ejemplo, la localización de los genes codificantes para la histona H2A, cruzipaína, 1F8 y FFAg6, difieren entre los grupos I y II de T. cruzi (28,29).…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

Localización cromosómica de los genes KMP-11 en cepas KP1(+) y KP1 (-) de Trypanosoma rangeli.

et al. 2004

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Section: Resultados Y Discusiónunclassified

Localización cromosómica de los genes KMP-11 en cepas KP1(+) y KP1 (-) de Trypanosoma rangeli.

et al. 2004

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“…En T. cruzi se han encontrado diferencias en el número de copias, organización cromosómica y el nivel de expresión de sus mARN (28). Por su parte, en T. rangeli se han observado diferencias en la secuencia al comparar la región intergénica del gen h2a entre dos cepas (12).…”

Section: Discussionunclassified

La región intergénica del gen H2A apoya las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+) de Trypanosoma rangeli

2007

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Introducción. Con base en la amplificación del ADN de los minicírculos del cinetoplasto y de los genes miniexón, Trypanosoma rangeli ha sido clasificado en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Objetivo. Comparar la región intergénica de los genes H2A entre cepas KP1(+) y KP1(-) de T. rangeli, con el fin de aportar evidencias a dicha división. Materiales y métodos. Se amplificó, clonó y determinó la secuencia de la región intergénica de los genes h2a de las cepas KP1(-) Tre y 5048 y de la cepa Choachí [KP1(+)]. Dichas secuencias, junto con las reportadas para las cepas C23 [KP1(-)] y H14 [KP1(+)], fueron utilizadas para la reconstrucción de árboles filogenéticos basados en los métodos de neighbor-joining, máxima parsimonia y máxima verosimilitud, utilizando la cepa Y de Trypanosoma cruzi como grupo raíz externo. Resultados. Se evidenció heterogeneidad intraespecífica en el tamaño de la región estudiada, soportados por valores bootstrap de 85% (neighbor-joining), 66% (máxima parsimonia) y 57% (máxima verosimilitud), los resultados indican que las cepas KP1(-) se agrupan aparte, claramente diferenciadas de las cepas KP1(+), las cuales presentan una mayor heterogeneidad intraespecífica en tamaño y secuencia. Además, se encontró mayor proximidad filogenética entre T. rangeli y T. cruzi que entre T. rangeli y Trypanosoma brucei. Conclusiones. Los análisis filogenéticos basados en la región intergénica de los genes h2a de las cepas estudiadas apoyan la división de T. rangeli en las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+). Sin embargo, se requiere estudiar un mayor número de cepas para confirmar estos hallazgos.Palabras clave: Trypanosoma/genética, ADN intergénico, genes, histonas/genética, secuencia conservada, filogenia. The intergenic region of the histone h2a gene supports two major lineages of Trypanosoma rangeliIntroduction. Trypanosoma rangeli has been classified in the KP1(+) and KP1(-) subpopulations, based on the mini-exon gene and kinetoplast DNA minicircle amplification profiles. Objective. The intergenic region of the histone h2a gene was compared between KP1(+) and KP1(-) strains of T. rangeli to substantiate this classification. Materials and methods. The amplification, cloning and sequencing of the h2a gene intergenic region was undertaken for the Tre and 5048 [KP1(-)] strains for comparison with the Choachí [KP1(+)] strain. These sequences, along with those previously reported for the KP1 (+) and KP1 (-) H14 and C23 strains, were used to reconstruct phylogenetic trees based on the "neighborjoining", maximum parsimony and maximum likelihood methods. The Y strain of Trypanosoma cruzi was chosen as the outgroup. Results. Intra-specific heterogeneity was observed in the size of the gene region under study, supported by bootstarp values of 85% (neighbor-joining), 66% (maximum parsimony) and 57% (maximum likelihood). The KP1(-) strains were grouped apart, clearly differentiated from the KP1(+) strains. The latter demonstrated a higher intra-specific heterogeneity, both in sequence length and composition. In addition, a...

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“…de acceso al GenBank, AF098063) corresponden al fragmento amplificado con los cebadores TcH2AF/R (27,28).…”

Section: Discussionunclassified

Comparación de una prueba de PCR basada en los genes codificantes para la histona H2A/SIRE con pruebas serológicas convencionales para el diagnóstico de la enfermedad de Chagas crónica en pacientes colombianos

et al. 2007

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Comparación de una prueba de PCR basada en los genes codificantes para la histona H2A/SIRE con pruebas serológicas convencionales para el diagnóstico de la enfermedad de Chagas crónica en pacientes colombianos Introducción. El diagnóstico de la enfermedad de Chagas en sus fases latente y crónica se dificulta por la baja parasitemia, razón por la cual se recurre a métodos serológicos y moleculares. Objetivo. Comparar la prueba de reacción en cadena de la polimerasa basada en la amplificación del elemento SIRE insertado en el gen que codifica para la histona H2A con las pruebas serológicas convencionales para el diagnóstico de la enfermedad de Chagas en pacientes colombianos. Materiales y métodos. Se realizó un estudio de concordancia comparando la PCR TcH2AF/ R con las pruebas de inmunoensayo enzimático e inmunofluorescencia indirecta, determinándose además la sensibilidad y especificidad de la prueba. Se clasificaron y examinaron 156 individuos según los hallazgos clínicos y epidemiológicos y los resultados de las pruebas serológicas. Adicionalmente, 97 de las 156 muestras fueron comparadas con la PCR S35/S36. Resultados. De 156 muestras, 89 (57%) fueron positivas por IFI y ELISA, y 84 (53,8%) presentaron el perfil de amplificación correspondiente a la banda esperada de 234 pb, obteniéndose una sensibilidad de 88% (I.C. 95%: 75% -95%) y especificidad de 92,5% (I.C. 95%: 87,7% -97,2%). El índice kappa, indicador de concordancia entre las pruebas serológicas y TcH2AF/R fue de 0,8 (I.C. 95%: 73% -86%), en tanto entre las PCR TcH2AF/R y S35/S36 fue de 0,9 (I.C. 95%: 84% -96%), interpretados como una concordancia buena y casi perfecta, respectivamente. Conclusiones. La PCR TcH2AF/R es una prueba diagnóstica promisoria complementaria a las pruebas serológicas, para la detección de Trypanosoma cruzi.Palabras clave: reacción en cadena de la polimerasa, histonas, miocardiopatía chagásica, Trypanosoma cruzi. Comparison of a PCR test based on the histone H2A/SIRE genes with classical serological tests for the diagnosis of chronic Chagas disease in Colombian patientsIntroduction. Diagnosis of Chagas disease in its latent and chronic phase is difficult because of the low parasitemia levels. Therefore, serological and molecular techniques are necessary to achieve an appropriate diagnosis. Objective. The polymerase chain reaction based on the amplification of the SIRE element inserted into H2A encoding genes was compared with classical serological tests for the diagnosis of Chagas disease in Colombian patients. 84Biomédica 2007;27(Supl. 1):83-91 GIL J., PAVÍA P., MONTILLA M. et al Materials and methods. An agreement study was carried out by comparing the PCR with ELISA (enzyme linked immuno sorbent assay) and IFAT (indirect immunofluorescence) tests. In addition, the PCR sensitivity and specificity were determined. A sample of 156 individuals was tested with the H2A PCR primers after a Chagas disease classification based on clinical, epidemiological and serological data associated with each patient. In addition, 97 out of 156 ...

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Plasticity of the histone H2A genes in a Brazilian and six Colombian strains of Trypanosoma cruzi

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Localización cromosómica de los genes KMP-11 en cepas KP1(+) y KP1 (-) de Trypanosoma rangeli.

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La región intergénica del gen H2A apoya las subpoblaciones KP1(-) y KP1(+) de Trypanosoma rangeli

Comparación de una prueba de PCR basada en los genes codificantes para la histona H2A/SIRE con pruebas serológicas convencionales para el diagnóstico de la enfermedad de Chagas crónica en pacientes colombianos

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