A cotonicultura é uma plantação muito importante no Brasil, detentora do quinto lugar de maior produtora e terceira maior exportadora mundial. Nacionalmente, o plantio de algodão herbáceo concentrase no centrooeste e nordeste, onde é majoritariamente cultivado por irrigação, seguido da técnica de sequeiro e sem rega. Os fatores climáticos, alta evapotranspiração e baixa pluviosidade, qualidade da água de irrigação, manejo, características do solo e espécie, são determinantes para existência e agravamento do estresse salino no plantio, sendo um dos mais importantes estresses abióticos, juntamente com o hídrico, a afetar o crescimento, produtividade e qualidade da fibra. Para isto, o melhoramento genético vegetal é a alternativa mais viável para redução das consequências geradas na planta pelo excesso de sais, como uso de produtos químicos na lavoura e perda quantitativa e econômica da produção. Com desenho de primers in silico que reconhecerão os domínios conservados no gene relacionados com a tolerância e/ou resistência, viabilizando a manipulação genética para criação de cultivares mais adaptadas a este fator. Assim, a partir da bioinformática, o presente trabalho, analisou taxonomicamente e físicoquimicamente três proteínas de interesse selecionadas, segundo triagem prévia, realizando desenho dos primers, validação destes e seleção dos dez primers mais estáveis, seis das proteínas e quatro degenerados, os quais são seguros, específicos e estão de acordo com padrões qualitativos de referência. De extrema relevância para área experimental, o conhecimento do perfil, ação das proteínas e desenho dos marcadores moleculares realizados, o caminho para se minimizar os problemas gerados pela salinidade ao cultivo é palpável.