Perspectives offertes par les approches en « omique » pour l’amélioration de la durabilité de l’élevage des herbivores

Abstract

Les mécanismes moléculaires à l’origine des processus biologiques sont gouvernés par les produits de l’expression d’une multitude de gènes dont les stratégies d’étude ont bénéficié d’avances technologiques considérables ces dernières années. En effet, alors que la biologie moléculaire était ciblée sur quelques gènes choisis selon leur fonction biologique dans les processus étudiés, les approches en «omique» permettent aujourd’hui d’étudier simultanément un grand nombre de gènes, protéines ou métabolites sans a priori sur leur fonction biologique. Ces nouvelles technologies peuvent contribuer à une meilleure connaissance de la biologie des herbivores dans une perspective d’élevage durable. Dans les exemples présentés dans cette courte synthèse, il apparaît en effet que ces approches à haut débit peuvent contribuer à améliorer l’efficacité économique des productions notamment par la détection de marqueurs de l’exposition aux mycotoxines et par une meilleure efficacité métabolique et physiologique des herbivores (partage des nutriments entre tissus et organes, différenciation du muscle pour la production de viande, régulation de l’expression des gènes par les nutriments). Les approches en «omique» peuvent aussi contribuer aux autres piliers du développement durable : bien-être animal (par la mise en évidence de marqueurs de stress), protection de l’environnement (par la maîtrise des rejets azotés par les animaux), qualité des produits (par une maîtrise de la composition en acides gras et de la qualité sensorielle des produits laitiers et carnés, et par la recherche biologique de prédicteurs de la tendreté de la viande).

Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

“…Concernant les animaux d'élevage, ces avancées technologiques accroissent l'information génétique et génomique disponible et favorisent l'établissement de liens entre polymorphismes génétiques et variabilité phénotypique. Elles permettent également l'accès à d'autres niveaux de fonctionnement du vivant, en particulier le niveau moléculaire (génome, épigénome, transcriptome, protéome, métabolome…) dont les liens avec les phénotypes (encadré 1) apparaissent aujourd'hui plus étroits (Hocquette et al 2009, Monget et Le Bail 2009, Groth et al 2011.…”