Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

Abstract

Les avancées technologiques récentes en biologie permettent la production de grandes quantités de données capables de décrire de plus en plus finement les phénotypes. Pour traiter en masse ces informations à l’aide de programmes informatiques et comparer les phénotypes provenant d’études différentes, il est indispensable de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les caractères phénotypiques auxquels pourront se référer des utilisateurs variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, producteurs…). L’absence d’un tel référentiel pour les animaux d’élevage a conduit l’Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, à mettre en place une ontologie nommée ATOL (« Animal Trait Ontology for Livestock »). Celle-ci vise à définir les caractères phénotypiques des animaux d’élevage en les organisant en catégories, autour des performances (efficacité alimentaire, fertilité), des produits (production laitière, de viande, d’oeufs, de foie gras) et des préoccupations sociétales (bien-être animal) se rapportant aux productions animales. Cet article explique les motivations à l’origine du projet, les objectifs poursuivis, la démarche adoptée et son originalité, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en accès libre sur la toile, soit largement utilisée pour référencer les caractères utilisés dans les publications et les bases de données, et ce pour favoriser une fouille bibliographique précise, facilitant ainsi l’intégration des informations à des fins de biologie systémique et prédictive.

Investigation of morphological predictors of fillet and carcass yield in European sea bass ( Dicentrarchus labrax ) for application in selective breeding

“…The fish traits measurements and the rearing environments were indexed according to the ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock) ontology, available on the ATOL (http://www.atolontology.com/index.php/en/les-ontologies-en/visualisation-en) website (Golik et al, 2012, Le Bail et al, 2014.…”