Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui prevalensi skabies, tingkat pengetahuan serta perilaku santri tentang skabies pada pesantren X di Brebes, Jawa Tengah dan membuktikan hubungan antara pengetahuan tentang skabies dan perilaku menjaga kebersihan dengan kejadian skabies di pondok pesantren Al Hikmah 1 Benda, Brebes. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif analitik dengan menggunakan pendekatan cross-sectional. Populasi dalam penelitian ini adalah santri putra pada Pondok Pesantren X di Brebes yang berjumlah 572 santri. Berdasarkan perhitungan dengan menggunakan rumus Slovin dapat diketahui bahwa besarnya sampel penelitian adalah 235 santri. Teknik pengumpulan data menggunakan kuesioner, sedangkan teknik analisis data menggunakan chi square. Disimpulkan bahwa prevalensi kejadian skabies di Pondok Pesantren X, Brebes adalah 32,2% yang didominasi oleh santri berumur 13-15 tahun. Pengetahuan (p = 0,021; OR 5,307) dan perilaku (p = 0,001; OR = 10,34) merupakan factor risiko skabies. Penyuluhan dan gerakan pencegahan scabies merupakan hal penting untuk memberantas skabies di pondok pesantren.