Kinerja dari organisasi sektor publik menjadi sorotan masyarakat, organisasi harus memberikan kepuasan bagi masyarakat dengan kinerja yang efektif dan efisien. Penting bagi instansi mengetahui faktor apa saja yang dapat mendukung atau mempengaruhi kinerjanya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menguji pengaruh kepemimpinan transformasional, sistem pengendalian intern, dan inovasi terhadap kinerja organisasi sektor publik. Metode penelitian ini adalah kuantitatif dengan menggunakan data primer yang bersumber dari kuesioner. Sampel dari penelitian ini adalah ASN (Aparatur Sipil Negara) pada instansi BPOM (Badan Pengawas Obat dan Makanan) yang bertugas di bagian keuangan. Hasil dari kuesioner adalah sebanyak 62 responden yang selanjutnya digunakan untuk analisis menggunakan aplikasi SPSS. Hasil dari penelitian menunjukkan bahwa kepemimpinan transformasional, sistem pengendalian intern, dan inovasi berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi sektor publik. Dapat disimpulkan bahwa kinerja organisasi sektor publik yang baik dipengaruhi oleh penerapan kepemimpinan transformasional, sistem pengendalian intern, dan inovasi yang baik.