PENAPISAN MOLEKULAR KANDIDAT OBAT SINTETIK TUBERKULOSIS TERHADAP PROTEIN TIROSIN KINASE Mycobacterium tuberculosis

Abstract

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) merupakan bakteri penyebab infeksi pada penyakit Tuberkulosis (TB). Sebagian besar obat TB yang dikembangkan pada saat ini mulai dilakukan sejak 40 tahun lalu. Obat tersebut memungkinkan terjadinya resistensi terhadap Mycobacterium tuberculosis. Oleh karena itu perlu dikembangkan obat baru yang dapat mengobati TB. Protein tirosin kinase dapat dijadikan target pengobatan TB karena memainkan peran kunci dalam fisiologi Mycobacterium tuberculosis dan patogenesis. Pada penelitian ini dilakukan analisis efektifitas dari senyawa-senyawa turunan sintetik sebagai inhibitor pada penambatan molekular terhadap protein tirosin kinase yang berperan penting pada penyakit tuberculosis. Senyawa turunan sintetik dilakukan analisis penambatan molecular. Penentuan nilai konstanta inhibisi serta visualisasi interaksi obat dilakukan menggunakan Pymol dan Discovery Visualizer. Aktivitas farmakologi atau biologi senyawa ligan ditentukan berdasarkan kriteria Lipinski’s Rule of Five. Analisis toksisitas dengan menggunakan Toxtree dan admetSAR. Berdasarkan pada hasil penelitian diperoleh 5 kandidat senyawa potensial sebagai tuberkulosis, yaitu DC-159a, Delamid, BTZ-043, TBA-7371, dan PBTZ169 dengan nilai binding affinity berturut-turut -9,7; -9,6; -9,5; -9,4; dan -9,1 kkal/mol.Hasil analisis Lipinski menunjukkan bahwa semua senyawa tersebut memenuhi kriteria Lipinski. Sedangkan hasil uji toksisitas menunjukkan bahwa semua senyawa tersebut tidak berpotensi bersifat karsinogenik dan mutagenik

Penambatan Molekuler Senyawa Aktif Sirih Merah (Piper crocatum) pada Butirilkolinesterase sebagai Kandidat Antialzheimer

“…Optimasi pada struktur reseptor dilakukan dengan cara menambah ion polar, ion nonpolar, dan menghitung jumlah muatan Gasteiger. Penyesuaian jumlah muatan Gasteiger bertujuan untuk memperoleh dan memperkirakan hasil dari perhitungan di antara interaksi ligan dengan reseptor secara tepat (Novriadi et al, 2020). Sementara itu, untuk ligan alami dilakukan preparasi dan dioptimasi dengan cara sama seperti pada preparasi struktur ligan.…”

Studi In Silico Senyawa dalam Daun Sirih (Piper betle L.) sebagai Inhibitor Enzim Asetilkolinesterase (AChE) pada Penyakit Alzheimer

“…Hasil positif menunjukkan senyawa uji bersifat mutagen dan mampu memicu terjadinya mutasi pada struktur DNA dalam sel, sedangkan nilai negatif menunjukkan senyawa uji bersifat sebaliknya.27 Selain Tes Ames, dilakukan uji karsinogenisitas yang akan menghasilkan positif apabila senyawa termasuk genotoksik dimana terdapat aktivitas karsinogenik, evidence of carcinogenic activity, sedangkan hasil negatif menunjukkan senyawa termasuk non-genotoksik serta tidak terbukti adanya aktivitas karsinogenik. 28 Pada tahap preparasi, kristal reseptor dipisahkan terlebih dahulu dari molekul air karena pada kristal reseptor tersebut masih terdapat molekul pelarut yang dapat mengganggu proses penambatan ligan dengan reseptor serta untuk memastikan ligan dapat benar-benar berinteraksi dengan reseptor. Hal ini dikarenakan adanya kemungkinan bahwa ligan air dapat terikat pada sisi aktif reseptor sehingga menghalangi ligan lain untuk berikatan.27 Setelah itu, dilakukan pemisahan antara ligan alami dengan reseptornya lalu masing-masingnya dipreparasi lebih lanjut.…”

Studi In Silico Senyawa Biji Klabet (Trigonella Foenum-Graecum L.) Sebagai Inhibitor Estrogen Alfa Pada Kanker Payudara

“…24 Dilakukan pula uji karsinogenisitas yang akan menghasilkan positif apabila senyawa termasuk genotoksik dan terdapat aktivitas karsinogenik, sedangkan hasil negatif bersifat sebaliknya. 25 Seluruh senyawa bersifat mutagen kecuali bebas Gibbs atau energi ikatan (ΔG) serta konstanta inhibisi (KI). Nilai energi ikatan yang semakin rendah menunjukkan bahwa ikatan kompleks antara senyawa dan reseptor semakin kuat.…”