Ontological and conceptual bases for a scientific knowledge model in biomedical articles

Abstract

Artigos científicos publicados em formato digital se constituem em bases de conhecimento científico, em especial na Medicina. Um obstáculo para o processamento semântico desse conhecimento por computadores é o fato de que, apesar do formato digital, estas bases de conhecimento são voltadas para leitura e processamento do seu conteúdo por pessoas. Propõe-se um modelo de publicação e registro para representar o conhecimento contido em artigos científicos em Medicina em formato "inteligível" por programas. Segundo o modelo, artigos científicos seriam publicados não só em formato textual, legível por pessoas, mas também como ontologias, representando o conhecimento específico contido em cada artigo. O modelo inicial foi obtido a partir de aportes teóricas de Metodologia Científica e Filosofia da Ciência e da análise de 75 artigos científicos em Medicina. O conteúdo de conhecimento científico de um artigo é associado à proposições que caracterizam fenômenos ou que estabelecem relações entre fenômenos. O modelo permite que programas "agentes de software" processem o conteúdo de cada artigo, viabilizando a recuperação semântica de informações, a avaliação da coerência, a identificação de lacunas no conhecimento científico e de novas descobertas. Palavras-chave conhecimento médico; representação do conhecimento; ontologias; publicações eletrônicas; comunicação científica

Researchers' information needs in the bibliographic database: A literature review

“…As regards to description and recovery, there are metadata or access points, which result from the activity of indexing documents, i.e., access points determine objective possibilities of document retrieval by users through algorithmic or automated procedures [15]. In this sense, studies have shown that software agents can process articles' information using semantic treatment as a new form of content exploitation [19]. Lee and Downie [18] developed a study in relation to music information retrieval (MIR) in the field of music digital libraries (MDL).…”

<b>Bases ontológicas e conceituais para um modelo do conhecimento científico em artigos biomédicos</b>

“…São mostradas as bases do modelo, a partir do conteúdo dos artigos que constituem o campo empírico e de sua análise dentro do quadro conceitual descrito anteriormente. Como já foi mencionado, a versão anterior do modelo (Marcondes 2007) enfatizava o papel das hipóteses enquanto relações entre fenômenos, segundo uma visão mais convencional da Ciência, baseada no Método Hipotético-dedutio; a versão atual do modelo, apresentada aqui, incorpora elementos que representam o conhecimento científico sendo progressivamente construído, através da caracterização e incorporação de um novo fenômeno.…”

“…Futuros desenvolvimentos da pesquisa vão consistir em usar o modelo como base para a construção de um ambiente Web de autopublicação (Costa 2006) de artigos científicos e para o desenvolvimento de programas que comparem o conteúdo de artigos científicos registrados segundo o modelo com o conhecimento registrado em ontologias médicas, como por exemplo a UMLS -Unifyed Medical Language System 2 ou a Gene Ontology 3 , com vistas a identificar novas descobertas científicas (Malheiros 2005). A versão mais acabada desta proposta inicial esta descrita em Marcondes (2007).…”

Identification of the features of scientific discoveries in biomedical articles

“…Trabajamos hace años (MARCONDES et al, 2009) en la propuesta de un modelo de publicación de artículos científicos cuya propuesta es permitir que sus conclusiones sean "inteligibles" por programas de ordenadores. Artículos, no sólo son publicados en el formato textual, sino que también tienen sus conclusiones identificadas, extraídas, grabadas y publicadas como instancias de una ontología en un formato procesable por máquina.…”