Oligomer based real-time detection of microorganisms producing nuclease enzymes

Mozioğlu, Erkan; Akyürek, Sema; Gündüz, Simay; Akgöz, Müslüm; Gören, Ahmet; Kocagoz, Tanil

doi:10.1039/c8an02129e

Cited by 4 publications

(2 citation statements)

References 33 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Rapid test that identifies microorganisms based on nuclease activity in real time was also suggested. A panel of fluorescent probes served as substrates in this method [141]. Nuclease activity was also recruited as a biomarker to track presence of S. aureus, S. Typhimurium and S. Enteritidis.…”

Section: Infectionsmentioning

confidence: 99%

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Balian

2023

Linköping Studies in Science and Technology. Dissertations

View full text Add to dashboard Cite

Nucleases are a group of enzymes that cleave the phosphodiester bonds in nucleic acids. As such, nucleases act as biological scissors that exhibit a plethora of fundamental roles, in prokaryotes and eukaryotes, dependent or non-dependent on their catalytic capability. Thus, differential status of nucleases between healthy and disease conditions might not be surprising, and can be deployed in disease detection. Specifically, there is growing body of research demonstrating the potential of nucleases as diagnostic biomarkers in several types of cancer. Biomarkers for early diagnosis are an immense need in the diagnostic landscape of cancer. In this sense, nucleases are promising biomolecules, and they possess a unique feature of catalytic activity that could be deployed for diagnosis and future therapeutic strategies. In this thesis we aim to demonstrate the use of nucleases as biomarkers associated to cancer, and the capability of oligonucleotide substrates for targeting a specific nuclease.xiii I am deeply grateful to my lovely family, my supporter in all my endeavors. Thank you, Mom, Dad and Alexan for all your love, encouragement and believing in me. Mom, I deeply appreciate your unlimited love and care for me and Ella, and I am beyond thankful for always being there when I needed time to focus on my work and writing.I want to give a big thanks to my husband Rami for encouraging me to take this path, and for his love and support all the way. I am lucky and beyond grateful for having you by my side. Big thanks also to my daughter Ella who opened my heart to new horizons of love. Thank you for being my sweetest supporter ever, especially when you say "Jag vill bli som du mamma". And I want to say what I always tell you: Jag älskar dig så mycket. Norrköping, December 2022 Alien Balian xv Papers Included in the Thesis I. Nucleases as Molecular Targets for Cancer Diagnosis Balian A., Hernandez FJ. Biomark Res., (2021), 9(1):86.Author's contribution: AB has conducted literature search, written all the sections, made the initial design of the figures and responded to the reviewers' comments to edit the paper.

show abstract

Section: Infectionsmentioning

confidence: 99%

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Balian

2023

Linköping Studies in Science and Technology. Dissertations

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Mozioğlu yaptığı calışmada MİK değerini saptamak için floresans absorbansa dayalı yöntem ve GFP floresans emisyon ölçümlerini kullanmışlardır. Sonuç olarak biyofilm içinde veya dışında, P. aeruginosa için antibiyotik MİK ölçümlerinin farklı olmadığı gösterilmiştir (Mozioğlu, 2019). Yapılan diğer bir çalışmada araştırıcılar, floresans ışıma yoluyla nükleaz aktivitesini belirlemişlerdir.…”

Section: Materyal Ve Metotunclassified

Floresans ışımaya bağlı minimal inhibisyon konsantrasyon (MİK) belirlenmesi

Oryaşin

2020

Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

View full text Add to dashboard Cite

Özet: Disk difüzyon yöntemi ve mikrodilusyon yöntemini kullanan otomatik sistemler son yıllarda mikrobiyoloji laboratuvarlarının vazgeçilmez parçaları olmuşlardır. Ancak, in vitro ölçüm yapan bu sistemler bakterilerin doğal ortamında değil laboratuvar koşullarındaki hassasiyetlerini ölçmektedirler. Bu çalışmanın amacı antibiyotiklerin etkisinin floresans absorbansın ölçüm yöntemiyle belirlenmesini sağlayacak yöntem geliştirmektir. Bu çalışmada içlerinde floresan ışıma yapan protein içeren bakteriler oluşturmak amacıyla rekombinant plazmidler hazırlanmıştır. Floresans kaynak olarak yeşil floresans protein (GFP) pUC18 ve pAT392 plazmidlerine klonlanmıştır. Elde edilen rekombinant plazmidleri içeren bakterilerde konvansiyonel minimal inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ölçümü yapılmıştır. Böylece besi yerindeki canlı hücrelerin yaydığı ışığın ölçülmesi esasına dayanarak alternatif bir MİK ölçüm yöntemi geliştirilmeye çalışılmıştır. Her bir antibiyotik grubu için pUC18-gfp ve pAT392-gfp plazmidlerini içeren ve içermeyen E. coli DH10B bakterisi kullanılmıştır. gfp genini içermeyen bakteriler florometrik ölçüm yapabilen cihazda 24 saatlik ölçüm boyunca ışıma vermemiş grafikleri doğrusal bir ivmeyle izlenmiştir. Ancak sadece canlı hücrelerde ışıma yapabilecek olan pUC18-gfp ve pAT392-gfp plazmidini içeren bakteriler antibiyotiğin hiç uygulanmadığı kontrol grubuna göre oldukça yüksek pik yaptıkları gözlenmiştir. İnhibe edici dozlarda grafik doğrusal bir yapı kazanmıştır. Işımanın alındığı konsantrasyonda en az 10 ışık birimi azalmanın okunduğu yere denk gelen antibiyotik dilüsyonu MİK değeri olarak kabul edilmiştir. Konvansiyonel MİK değerleri ile florometrik MİK değerleri karşılaştırılmış en çok 2 dilüsyon fark saptanmıştır. Işımanın ölçülmesiyle MİK düzeyinin belirlenebileceği bu çalışma ile gösterilmiştir. Geliştirilmeye çalışılan bu yöntem antibiyotiklerin bakterisidal/bakteriostatik etkilerinin saptanmasında, antibiyotiklerin biyofilm içindeki bakterilere etkilerinin gözlenmesinde kullanım potansiyeli vardır. Ayrıca yeni antibiyotik geliştirmede kullanılabilecek basit, ucuz ve kolay bir yöntem adayı olarak denenecek moleküllerin daha hızlı ve etkin şekilde değerlendirilmesini sağlayabilme potansiyeli vardır.

show abstract