Este artigo apresenta um histórico da pesquisa arqueológica realizada na Amazônia durante os 200 anos de existência do Museu Nacional, que, desde o século XIX, esteve envolvido na produção científica sobre a arqueologia dessa região. Seu propósito é não só apontar as iniciativas de pesquisa e a importância das coleções arqueológicas depositadas nessa instituição ao longo do tempo, mas também colocar em destaque as interpretações acerca dos objetos e dos lugares, propostas por diversos pesquisadores. Em um momento de reflexão sobre a relevância histórica das coleções arqueológicas, afetadas pela tragédia do incêndio de setembro de 2018, destacamos ainda um olhar que se dirige ao futuro, sem nunca esquecer da herança do passado.