Newcastle Disease Virus Detection from Chicken Organ Samples Using Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction

Abstract

Newcastle disease (ND) is a systemic, viral respiratory disease that is acute and easily transmitted which affects various types of poultry, especially chickens. Diagnosis of ND which generally involves virus isolation and subsequent identification with serological assays has limitations that needs more time. This research was aimed to detect Newcastle Disease virus (NDV) in chickens suspected with ND using the Reverse TranscriptasePolymerase Chain Reaction (RT-PCR) technique. Nine chicken organ samples such as lien, trachea, and lungs were collected from chicken farms diagnosed with ND. The organ samples were processed and the targeted viral RNA was extracted using the RNA extraction kit. Genome amplification was performed with RT-PCR using specific primers to target the F gene. Amplification results produced an amplicon product of 565 base pairs (bp). PCR product samples were then visualised using agar gel electrophoresis and viewed using the unified gel documentation system. Amplification results show nine samples positive for the DNA bands corresponding to the targeted band of the NDV F gene fragment. The results of this research confirm that the RT-PCR method is applicable for NDV detection from chicken organ samples.Keywords: Newcastle Disease virus, organ sample, amplification. AbstrakNewcastle Disease (ND) adalah suatu penyakit pernafasan dan sistemik, yang bersifat akut dan mudah menular, yang disebabkan oleh virus dan menyerang berbagai jenis unggas, terutama ayam. Diagnosis penyakit ND yang pada umumnya dilakukan dengan isolasi virus dan identifikasi serologis memiliki keterbatasan, antara lain diperlukan waktu yang lebih lama. Penelitian ini bertujuan mendeteksi virus Newcastle Disease (NDV) pada ayam yang dicurigai dengan penyakit ND dengan menggunakan teknik Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Sembilan sampel organ ayam yaitu: lien, trakea, dan paru dikoleksi dari peternakan ayam yang didiagnosis penyakit ND. Sampel organ tersebut diproses dan diekstraksi RNA virus target dengan kit ekstraksi RNA. Amplifikasi genom virus dilakukan dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik pada target gen F. Hasil amplifikasi menghasilkan produk amplikon sebesar 565 base pairs (bp). Sampel produk PCR kemudian divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis dan diamati menggunakan unified gel documentation system. Hasil amplifikasi menunjukkan sembilan sampel positif teramati pita DNA sesuai target fragmen gen F virus ND. Hasil penelitian ini mengkonfirmasi bahwa metode RT-PCR dapat digunakan untuk mendeteksi virus ND dari sampel organ ayam.Kata Kunci: virus Newcastle Disease, sampel organ, amplifikasi.

Deteksi Virus Newcastle Disease pada Burung Merpati (Columba Livia) dan Burung Tekukur (Streptopilia Chinensis) yang Menunjukkan Gejala Syaraf

“…Hospes utama penyakit ND adalah ayam ras, ayam bukan ras dan beberapa spesies unggas dan burung. Beberapa kasus ND pada ayam ras komersial baik layer dan broiler telah dilaporkan oleh Wibowo et al, (2012), Wibowo et al, (2017); Triosanti et al, (2018); Putri et al, (2017). Kasus ND pada ayam buras dilaporkan oleh Adi et al, (2009), sedangkan kasus ND pada merpati dilaporkan oleh Dewandaru et al (2020).…”

“…Meskipun berbagai usaha telah dilakukan dalam rangka penanggulangan penyakit tersebut, namun tidak bisa dipungkiri bahwa sampai saat ini kasus ND masih banyak ditemukan di lapangan. Kasus penyakit ND tersebut dapat muncul pada suatu peternakan yang telah menjalankan vaksinasi dengan baik (Wibowo et al, 2017;Putri et al, 2018;Shanmuganathan et al, 2017) maupun pada peternakan ayam kampung yang belum ada program vaksinasi ND (Adi et al, 2009). Saat ini ditemukan kasus pada burung merpati menunjukkan gejala syarafi, termasuk tortikolis, terdeteksi sebagai kasus penyakit ND dengan uji agar gel presipitasi (Dewandaru et al, 2020).…”

“…Hasil uji HI serum darah, dan uji HA cairan allantois hasil kultur pada telur ayam berembrio SPF. (Alexander, 2003;Daud et al, 2019;Wibowo et al, 2017;Shanmuganathan et al, 2017). Namun demikian beberapa peneliti juga mempunyai preferensi untuk mendeteksi gen HN (Triosanti et al, 2018, Wulandari et al, 2021, Soltani et al, 2019, serta gen lain seperti gen matriks juga dapat menjadi target deteksi pada virus ND (Daud et al, 2019) Hasil sekuensing berupa data ABI file dan urutan disejajarkan menggunakan software MEGA_X.…”

“…Meskipun demikian kasus ND pada burung merpati di Cina tersebut sejumlah kecil isolat dikelompokkan menjadi genotipe VII (Liu et al, 2006;Qin et al, 2008). Virus ND yang bersirkulasi di Indonesia yang menyebabkan gejala klinis hingga kematian pada ayam komersial layer adalah tergolong dalam genotipe VII (Goraichuk et al, 2020;Wibowo et al, 2017;Xiao et al, 2012). Dalam analisis pohon kekerabatan di penelitian ini virus ND sampel asal merpati N/2021 sesuai kode sampel M3/Sleman/2021 berada dalam kluster dengan virus ND isolat ayam komersial asal Sragen, Kudus, dan Banjarmasin (Xiao et al, 2012).…”

Surveilans Newcastle Disease (ND) pada Unggas di Papua Barat

“…Pada saat terjadi kasus dan kematian karena ND, sampel pengujian yang diperlukan adalah organ tubuh untuk pengujian dengan metode real time PCR. Metode ini lebih sensitif dan lebih cepat dilakukan dibanding isolasi virus (Mazumder et al, 2012), dengan menggunakan primer spesifik pada target gen F (Shanmuganathan et al, 2017). Virus ND paling banyak ditemukan pada organ limpa dibandingkan pada paru, otak dan kolon ayam (Haque et al, 2010).…”