Muster aus H‐Brücken: ihre Funktionalität und ihre graphentheoretische Analyse in Kristallen

Abstract

deren Freundschaft in ihre Tage als Mannschaftskameraden im Softball-Team des Yale University Chemistry Department Anfang der sechziger Jahre zuriickreicht.Muster von H-Brucken in organischen Kristallen pladiertL2 -' 1. Es gab betrachtliches Interesse an dieser MethodeC7]. und es erschien uns notwendig, unsere fruheren formalen Darstellungen der Regeln zur Bestimmung von Graphensatzen zu erweitern. Dariiber hinaus erkannten wir in dem MaDe, in dem wir selbst Erfahrungen sammelten, und als Ergebnis zahlreicher Anfragen anderer, die ebenfalls versuchten, diese Methoden anzuwenden, eine Reihe von Problemen, MiBverstandnissen und Zweideutigkeiten in den Anleitungen, die fruher zur Bestimmung der Graphensatze gegeben worden ~a r e n [~' 'I. Wir hielten es daher fur angebracht, diese Regeln hier unter mehr praktischen Gesichtspunkten zusammenzufassen und eine Reihe von Beispielen zu prasentieren, die zusatzliche Hilfestellung geben und als Richtlinie fur diejenigen dienen konnten, die diese Methode anwenden mochten.Es ist uns wohl bewuBt, daB sich der graphentheoretische Ansatz, sol1 er von Nutzen sein, einer klaren und einheitlichen Sprache bedienen muD. Bestimmungen, die Anwender an verschiedenen Orten treffen, mussen auf klar verstandlichen und allgemein anerkannten Regeln beruhen, sie mussen einfach zu treffen und reproduzierbar sein. Ein Weg, diese Situation zu garantieren, ware, allgemein zugangliche Computerprogramme zur Verfugung zu stellen, um die Ermittlung von Graphensatzen zu unterstutzen. Dies ist sicherlich ein Ziel, das wir anstreben,uiid wir arbeiten zur Zeit auch an der Entwicklung von Software, die diesen Anforderungen gerecht wird. In der Zwischenzeit halten wir es jedoch fur wichtig, die Verbreitung von MiBverstandnissen und falschen Vorstellungen iiber die Arbeit mit dieser Methode und ihre Anwendungsmoglichkeiten zu verhindern; ebenso mochten wir die Weitergabe von falsch bestimmten Graphensatzen vermeiden. Dies waren die Grunde fur uns, diese Veroffentlichung zu schreiben. Wir werden zuerst kurz die wesentlichen Merkmale des graphentheoretischen Ansatzes zusammenfassen, dabei aber auf den bereits veroffentlichten, mehr formalen Ansatz verweisen. AnschlieRend folgt eine Reihe von ausgearbeiteten Beispielen fur die Ermittlung von Graphensltzen, wobei wir auch auf einige Schwierigkeiten und Fallstricke sowie deren Vermeidung eingehen mochten. Zum SchluR mochten wir die Nutzlichkeit der graphentheoretischen Analyse bei der Entdeckung der Funktionalitat von H-Brucken-Mustern diskutieren, die die traditionellen Grenzen chemischer Funktionalitat iiberschreiten. Die Definition yon GraphensatzenVielleicht das Bemerkenswerteste am graphentheoretischen Ansatz zur Analyse von H-Brucken-Mustern ist die Tatsache, daR selbst komplizierte molekulare Netzwerke auf Kombinationen aus vier Mustern reduziert werden konnen, die durch Designatoren beschrieben werden: Ketten (C), Ringe (R), Muster von intramolekularen H-Briicken (S) und andere finite Muster (D). Die Spezifikation eines Musters wird erweitert durch die Z...

An organomercury enzyme activator as a versatile template for new organomercury(II) compounds encompassing homobimetallic (RHg/Hg) and heterobimetallic (RHg/Cd) compositions: Syntheses, photoluminescence and structures

“…The structure of (3) (Table S2) to give a ring with a graph set motif [75] of S(6). The imine ligands are not entirely planar, with the dihedral angle between the planes of the two phenyl rings being 15.0(3)°.…”

Synthesis of a Regular 24-membered Cyclodepsipeptide by Direct Amide Cyclization

“…The macrocyclic molecule contains two intramolecular hydrogen bonds [N(11)-H··· O(4) and N(23)-H···O(16)], which link two diametrically opposite amide N-H groups to the next amide O atom around the ring, after an intervening ester group. These interactions form loops with a graph set motif [22] of S (10) (1 )]. Each of the intermolecular interactions links the molecules into extended chains which run parallel to the crystallographic x axis and have a graph set motif of C(11).…”

Two- and Three-Dimensional Hydrogen-Bonding Networks in the Structures of 4,4'-Dihydroxybenzophenone and 4,4'-Thiodiphenol

“…Davis, Shimoni & Chang, 1995). By contrast, in the structure of 4,4'-sulfonyldiphenol the hydroxy groups act as donors only while the sulfonyl-O atoms are the acceptors (Glidewell & Ferguson, 1996b); again, each molecule is hydrogen bonded to four others, forming planar nets characterized by the graph set R4(32) with, in addition, pairs of such nets interwoven to form bilayers.…”

“…In the other chain, atom O1B at (x, y, z) acts as donor to O2B at (-1 -x, ½ + y, -~ -z) giving similar chains but with the O--H...O hydrogen bonds all in the direction [010]. In each of the chains, the hydrogen-bonding motif has graph set C(12) (Etter, 1990;Bernstein et al, 1995). This chain formation utilizes only a single hydroxy-H atom per bis-phenol molecule so that the bonds O2n--H2n (n = A, B) are still available as hydrogen-bond donors.…”