Molecular systematics of Vampyressine bats (Phyllostomidae: Stenodermatinae) with comparison of direct and indirect surveys of mitochondrial DNA variation

Hoofer, Steven R.; Baker, Robert J.

doi:10.1016/j.ympev.2005.12.001

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“…We sampled multiple species of Artibeus , Micronycteris , Vampyressa and Mimon because monophyly of these genera has been questioned (Owen, 1991; Lee, Hoofer & Van Den Bussche, 2002; Baker et al , 2003, 2000; Hoofer & Baker, 2006; Tavares, 2008). In some cases, we selected two species per genus to facilitate inclusion of both morphological and molecular data (e.g.…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats

et al. 2012

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All characters and trait systems in an organism share a common evolutionary history that can be estimated using phylogenetic methods. However, differential rates of change and the evolutionary mechanisms driving those rates result in pervasive phylogenetic conflict. These drivers need to be uncovered because mismatches between evolutionary processes and phylogenetic models can lead to high confidence in incorrect hypotheses. Incongruence between phylogenies derived from morphological versus molecular analyses, and between trees based on different subsets of molecular sequences has become pervasive as datasets have expanded rapidly in both characters and species. For more than a decade, evolutionary relationships among members of the New World bat family Phyllostomidae inferred from morphological and molecular data have been in conflict. Here, we develop and apply methods to minimize systematic biases, uncover the biological mechanisms underlying phylogenetic conflict, and outline data requirements for future phylogenomic and morphological data collection. We introduce new morphological data for phyllostomids and outgroups and expand previous molecular analyses to eliminate methodological sources of phylogenetic conflict such as taxonomic sampling, sparse character sampling, or use of different algorithms to estimate the phylogeny. We also evaluate the impact of biological sources of conflict: saturation in morphological changes and molecular substitutions, and other processes that result in incongruent trees, including convergent morphological and molecular evolution. Methodological sources of incongruence play some role in generating phylogenetic conflict, and are relatively easy to eliminate by matching taxa, collecting more characters, and applying the same algorithms to optimize phylogeny. The evolutionary patterns uncovered are consistent with multiple biological sources of conflict, including saturation in morphological and molecular changes, adaptive morphological convergence among nectar-feeding lineages, and incongruent gene trees. Applying methods to account for nucleotide sequence saturation reduces, but does not completely eliminate, phylogenetic conflict. We ruled out paralogy, lateral gene transfer, and poor taxon sampling and outgroup choices among the processes leading to incongruent gene trees in phyllostomid bats. Uncovering and countering the possible effects of introgression and lineage sorting of ancestral polymorphism on gene trees will require great leaps in genomic and allelic sequencing in this species-rich mammalian family. We also found evidence for adaptive molecular evolution leading to convergence in mitochondrial proteins among nectar-feeding lineages. In conclusion, the biological processes that generate phylogenetic conflict are ubiquitous, and overcoming incongruence requires better models and more data than have been collected even in well-studied organisms such as phyllostomid bats.

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Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats

et al. 2012

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“…Alteramos a designação do gênero Vampyressa para Vampyriscus no caso das espécies Vampyriscus bidens e Vampyriscus brocki (Baker & Hoofer 2006), removendo ainda um registro errôneo desta última para RO. Baseado em observações de Gardner 2008, removemos também um registro errôneo de Vampyressa nymphea para o AM (McNab 1969), retirando assim esta espécie também da lista brasileira.…”

Section: Correções E Atualizaçõesunclassified

Compilação atualizada das espécies de morcegos (Chiroptera) para a Amazônia Brasileira

2011

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Brazil holds nearly 15% of world's bat species richness, and most of it is present in the Amazonian biome. Here we present an updated compilation of bat species for the Brazilian Amazonia, with records of 146 species, belonging to nine families and 64 genera. At least 46 of those species are currently restricted to the Amazonian biome. Pará State is the species richest (120 spp.) and the Amazonian portion of Maranhão the least (21 spp.). Nine species were recorded in all the Amazonian States, and 28 are restricted to a single state. The species list for the region is not yet completed and is very likely that the Brazilian Amazonia holds more than 160 species of bats. We indicated priority areas for inventories in the region, and discuss some factors that can contribute to a further increase in the knwoledge of the regional bat fauna. Keywords: Amazônia Legal, bat species richness, biodiversity inventories.BERNARD, E., TAVARES, V.C. & SAMPAIO, E. Compilação atualizada das espécies de morcegos (Chiroptera) para a Amazônia Brasileira. Biota Neotrop. 11(1): http://www.biotaneotropica.org.br/v11n1/pt/ abstract?article+bn00611012011.Resumo: O Brasil abriga cerca de 15% da riqueza de morcegos do planeta, e grande parte desta riqueza está presente no bioma Amazônia. Apresentamos aqui uma compilação atualizada das espécies de morcegos da Amazônia Legal Brasileira, com registros formais de 146 espécies, distribuídas em nove famílias, e 64 gêneros. Pelo menos 46 destas espécies têm, até o momento, a ocorrência restrita ao bioma amazônico. O Pará é o estado com o maior número de espécies registradas (120), enquanto que a porção amazônica do Maranhão apresenta apenas 21 espécies. Nove espécies foram registradas em todos os estados amazônicos e 28 são conhecidas em apenas um estado. A lista de espécies de morcegos para a região não está esgotada e é bastante plausível que a Amazônia Brasileira contenha mais de 160 espécies de morcegos. Apontamos áreas prioritárias para a realização de inventários para morcegos na região, e discutimos alguns fatores que podem contribuir para o aumento do conhecimento da quiropterofauna amazônica. Palavras-chave: Amazônia Legal, riqueza de espécies de morcegos, inventários de biodiversidade.

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“…LIM et al (2003) com base em diferenças morfológicas, mensurais, cromossômicas e moleculares elevaram V. p. thyone à categoria de espécie. Análises moleculares subseqüentes (PORTER & BAKER 2004, HOOFER & BAKER 2006 confirmam o reconhecimento de V. thyone como espécie válida.…”

Section: Pygoderma Bilabiatum (Wagner 1843)unclassified

Quirópteros da Reserva Biológica do Tinguá, estado do Rio de Janeiro, sudeste do Brasil (Mammalia: Chiroptera)

Dias

Peracchi

2008

Rev. Bras. Zool.

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O presente trabalho reúne os resultados de um levantamento de quirópteros conduzido na Reserva Biológica (REBIO) do Tinguá, Nova Iguaçu, estado do Rio de Janeiro, sudeste do Brasil. Foram realizadas 31 noites de coletas, em 14 sítios situados em altitudes de 65 a 1270 m. As coletas foram realizadas com redes "mist-nets", armadas ao nível do solo, em trilhas ou clareiras, em frente a plantas em floração ou frutificação, próximo a construções e cavidades naturais, sobre riachos e corpos d'água ou perto desses. Um total de 655 indivíduos foi capturado. Vinte e oito espécies de morcegos, distribuídas em quatro famílias, Emballonuridae (duas espécies), Phyllostomidae (19 espécies), Vespertilionidae (cinco espécies) e Molossidae (duas espécies) são assinaladas para a Reserva. Destacam-se os registros de Lonchophylla bokermanni Sazima, Vizotto & Taddei, 1978, Platyrrhinus recifinus (Thomas, 1901) e Myotis ruber (E. Geoffroy, 1806), que constam como vulneráveis na "Lista das Espécies Brasileiras Ameaçadas de Extinção". Para cada espécie, uma medida externa (comprimento de antebraço) e 13 medidas cranianas foram estudadas. As medidas de machos e fêmeas são tratadas separadamente. Comentários taxonômicos são fornecidos para todas as espécies.

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Molecular systematics of Vampyressine bats (Phyllostomidae: Stenodermatinae) with comparison of direct and indirect surveys of mitochondrial DNA variation

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Compilação atualizada das espécies de morcegos (Chiroptera) para a Amazônia Brasileira

Quirópteros da Reserva Biológica do Tinguá, estado do Rio de Janeiro, sudeste do Brasil (Mammalia: Chiroptera)

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