Molecular modelling and computational studies of peptide diphenylalanine nanotubes, containing waters: structural and interactions analysis

Nanotubes and water-channels from self-assembling dipeptides

“…31 Interestingly, recent in silico investigations have suggested that the inner water clusters can acquire polar and chiral properties as a result of their interactions with the walls of the Phe-Phe NTs, which exert such effects thanks to their dipole-moments distribution. 32 Phe-Phe NTs have also been shown to be able to reversibly switch between the NTs and nanovesicle morphologies, for instance by dilution and increased concentration, respectively. 33 The morphological conversions have been shown to follow the Ostwald's rule of stages, with coalescence of monomers into nuclei, which then undergo ripening into NTs, as shown with Boc-Phe-Phe.…”

“…31 Interestingly, recent in silico investigations have suggested that the inner water clusters can acquire polar and chiral properties as a result of their interactions with the walls of the Phe-Phe NTs, which exert such effects thanks to their dipole-moments distribution. 32…”

The IMPB RAS is 50 years old. Group of Computer Modeling of Nanostructures and Biosystems

“…Самоорганизация сложных биомолекулярных структур является одним из важнейших явлений в природе. Примером самоорганизующихся макромолекулярных систем являются пептидные нанотрубки (ПНТ) на основе аминокислоты фенилаланина (F) и ее дипептида -дифенилаланина (FF) [26][27][28][29][30][31][32]. Благодаря широкому спектру свойств эти структуры являются перспективными для применений в нанотехнологиях, наноэлектронике и биомедицине.…”

“…Благодаря широкому спектру свойств эти структуры являются перспективными для применений в нанотехнологиях, наноэлектронике и биомедицине. Компьютерное молекулярное моделирование процессов самоорганизации молекулярных систем на разных уровнях и разными методами проводилось с учетом хиральности исходных молекул, что играет здесь ключевую роль в физических закономерностях на самых различных уровнях организации этих структур [26][27][28][29].…”

“…7) [30]. Установлена была сильная поляризация ПНТ, обусловленная дипольными моментами дипептидов [26][27][28]31]; исследовано влияние молекул воды во внутренней полости ПНТ, их роли в свойствах ПНТ [26][27][28][29] и определено их оптимальное количество. Были выполнены также работы по вычислению индекса хиральности на основе дипольных моментов дипептидов [31].…”