Molecular characterization of 93 genotypes of cocoa (Theobroma cacao L.) with random amplified microsatellites RAMs

Abstract

Random amplified microsatellite (RAMs) markers six were used to characterize 93 genotypes of cocoa in Tumaco (Colombia). Hundred twenty seven bands were generated. The number of polymorphic loci varied between 11 and 25 for the AG and TG primers, respectively. This study differentiated the 93 genotypes into six groups with a 0.53 similarity, 0.28 mean heterozygosity (He) for the population, and 0.12±0.02 genetic differentiation coefficient or Fst. A significant level of genetic diversity was evident in the T. cacao genotypes. This resource would benefit selection programs of individual trees or plant breeding programs. The genotypes clustered in a large proportion in accordance with the collection zone. This characteristic was associated with collection zones and along the rivers in the municipality of Tumaco. The RAM technique proved to be a useful tool for the determination of genetic diversity in Theobroma species.

Mutagénesis inducida en plantas de Solanum betaceum Cav. mediante el uso de dietil sulfato (DES)

“…Los cinco cebadores RAMs analizados generaron 37 loci, de los cuales, siete se obtuvieron en CA y TG; cinco en AG; seis en ACA y 12 en CGA. Igualmente, se lograron 1.258 registros con 594 unos y 664 ceros; estos valores son inferiores a los encontrados en estudios que determinaron genotipos con mayor diversidad genética, como en mora (Rubus glaucus) (Morillo C. et al 2005) y en cacao (Theobroma cacao L) (Morillo C. et al 2014); sin embargo, los niveles de diversidad identificados se consideran aceptables, teniendo en cuenta que se utilizó la progenie de una sola planta. El número de alelos (Na) varió entre 1,86 y 2,0, con un promedio de 1,97 ± 0,97 y el número de alelos efectivos (Ne), entre 1,0 y 1,60, con una media de 1,40 ± 0,05, mientras que considerando todos los loci, el Ne osciló entre 1,0 (CA5) y 1,99 (ACA1) (Tablas 1 y 2).…”

ANÁLISIS DE LA DIVERSIDAD GENÉTICA DE LA MORA(Rubus spp.)EN EL DEPARTAMENTO DE BOYACÁ

“…El número de bandas por cebador varió de 16 para el ACA y 27 para el CGA, con pesos moleculares entre 300 y 1400 Kb. Al compararlos con los resultados obtenidos en otros trabajos de diversidad genética en donde se han utilizado estos marcadores microsatélites aleatorios Mandarina [14], cacao [15], mora [3] como también en otros estudios moleculares de Rubus [4,5] el número de bandas encontrado en este estudio se considera adecuado para estimar los parámetros genéticos.…”

Rescue of Cocoa National Variety: Genetic Potential of Selection

“…Therefore, the interest of crop breeders both nationally and internationally is focused on effectively managing populations to conserve adequate genetic variation; Breeding is achieved through the selection of outstanding and genetically stable individuals. (Morillo et al, 2014).…”