Microbiotes et métagénomique

Microbiote intestinal et réponses aux thérapies anti-tumorales

“…Il faut désormais identifier les patients ayant peu de chances de répondre aux thérapies conventionnelles et pouvant bénéficier de ces nouvelles thérapies. L'avènement de nouvelles technologies (méthodes de séquençages de l'ADN 16S, de métagénomique et de méta-transcriptomique) [52,53] (➜) ainsi que la renaissance de la culturomique [44][45][46]54] (➜) devraient permettre anticancéreuses. À l'avenir, plusieurs stratégies thérapeutiques faisant intervenir le microbiote pourront donc être envisagées en combinaison avec des ICB ou des chimiothérapies pour en améliorer les effets anti-tumoraux.…”

Microbiote intestinal, la clé pour une meilleure alimentation ?

“…Il existe plusieurs outils pour assembler, détecter et annoter les gènes à partir des lectures issues d'un séquençage à haut débit [16][17][18][19]. Le goulot d'étrangle-ment de l'analyse se situe au niveau des bases de données publiques disponibles qui souffrent d'un manque de représentativité des microorganismes anaérobies (majoritaires dans le microbiote intestinal) et des gènes non annotés fonctionnellement [8,20,38] (➜). L'utilisation de bases de données d'annotation potentielle de protéines telles que les bases CAZy (Carbohydrate-active enzymes) ou KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes) [16,21,22] permettent d'inférer les fonctions des enzymes impliquées respectivement dans la dégradation des sucres complexes ou des voies métaboliques.…”

“…Des études cliniques ont montré que la richesse (ou alpha-diversité) en espèces et gènes des microbiotes intestinaux constituait une variable essentielle permettant leur comparaison. Cette richesse est déter-minée soit par le séquençage ciblé du gène codant la sous-unité 16S de l'ARN ribosomal, soit par la construction non supervisée d'un catalogue de gènes issus d'une approche métagénomique par séquençage direct [8,38] (➜). Plusieurs de ces études ont montré l'intérêt de quantifier la richesse du microbiote en regard des paramètres métaboliques d'un individu et sa réponse vis-à-vis d'une intervention nutritionnelle [9][10][11].…”

Fæces vivos docent

“…Les individus momifiés, associés aux dépôts stercoraux provenant de latrines délimitées, maçonnées et closes (présentant donc une contamination environnementale limitée), représenteraient les types d'échantillons les plus porteurs d'informations de l'évolution commune à une population, grâce à l'association des données agrégées anonymes d'individus (à partir des latrines) et de données individuelles qui, elles, sont clairement identifiées (sorte de « jalons » historiques : pathographie). La combinaison de ces deux types d'échantillons différents (approche globale et sujet isolé) se justifie par l'existence d'un état de santé, à cette époque, qui diffère selon la position sociale des individus (d'où l'importance des latrines pour un échantillon de la population générale, et des cas historiques bien documentés, pour les individus appartenant à l'élite).Méthodologie archéo-biomédicaleLa métagénomique est un outil qui permet de révéler l'existence de nouvelles entités bactériennes ou virales[47] (➜). Au cours de la dernière décennie, les efforts de séquençage métagénomique ont ainsi apporté une nouvelle vision des microbes qui peuplent notre planète et notre corps.…”