Este artigo analisa o lugar que as mulheres ocupam na educação superior brasileira, especificamente nas universidades e nos institutos federais do país. Assim, oferece uma radiografia da situação das docentes e estudantes, utilizando uma metodologia qualitativa. Para produzir os indicadores de gênero e ciência, foi necessário um exaustivo trabalho de solicitação de dados e, diante da falta de informações disponíveis, foi preciso solicitar dados a todas as universidades federais e institutos federais do Brasil. Os resultados da pesquisa revelam a existência de segregação horizontal, em virtude da qual as mulheres se concentram em determinadas áreas do conhecimento, e de segregação vertical, que as condena às posições mais baixas na carreira acadêmica. Especificamente nos institutos federais, a segregação é ainda maior, principalmente entre docentes. No entanto, é importante destacar que a presença das mulheres nas áreas consideradas masculinas tende a crescer entre docentes quando comparada com as estudantes de graduação. Compreender como se produz o acesso e a participação das mulheres na ciência e tecnologia contribui para a reflexão sobre a situação delas e também com possíveis planejamentos de ações necessárias para abordar as desigualdades de gênero na ciência brasileira.