Kementerian Agama RI memiliki strategi peningkatan mutu madrasah dengan mengklasifikasi keunggulan-keunggulan madrasah meliputi: (1) MAN Insan Cendekia, (2) Madrasah Model, (3) Madrasah berbasis pesantren, (4) Madrasah berbasis riset, (5) Madrasah mandiri (entrepreneurship), (6) Madrasah vokasional, (7) madrasah berbasis afiliasi, (8) madrasah berbasis partnership MEDP-ADB dan AIBEP serta (9) perpustakaan madrasah inspiratif (Madrasah, 2014). Dengan klasifikasi tersebut masing-masing madrasah dapat mengembangkan mutu pendidikan sesuai dengan kondisi dan situasi madrasah. Temuan penelitian tentang Best Practice Pendidikan pada Madrasah Ibtidaiyah di Yogyakarta menyebutkan bahwa (1) berdasarkan FGD dengan Kabid Dikmad Kemenag Provinsi DIY dan Kasi Kemeneg kab/kota, akreditasi madrasah, animo masyarakat yang tinggi terhadap madrasah ibtidaiyah, dan penilaian peneliti disimpulkan bahwa Madrasah Ibtidaiyah Unggul berbasis pesantren di Yogyakarta meliputi: MI Sunan Pandanaran, MI Wahid Hasyim dan Afkaaruna Islamic School (2) keunggulan MI Sunan Pandanaran dan MI Wahid Hasyim karena nama besar pondok pesantren, pengelola yang visioner, guru relatif muda, dukungan masyarakat yang tinggi. Afkaaruna Islamic School memiliki keunggulan dalam hal kurikulum, kompetensi guru, dan dukungan sarana dan prasarana (3) madrasah ibtidaiyah unggul berbasis pesantren adalah madrasah yang melakukan berbagai inovasi penddikan (Atmanto dan Sofanudin, 2020).