O sistema de referência e contrarreferência é um dos pontos estratégicos para consolidação do Sistema Único de Saúde, a fim de garantir a integralidade da assistência. Estudo qualitativo respeitando os passos propostos pelo referencial da fenomenologia da percepção, com base na obra de Merleau- Ponty e Martins, abrangendo três momentos: a descrição, a redução e a compreensão. Objetivou apreender a percepção da equipe multiprofissional de saúde de um serviço de referência e desvelar os desafios no processo de referenciamento. Participaram quinze profissionais atuantes no ambulatório de um hospital universitário de nível terciário, dentre eles: enfermeiros, psicólogos, nutricionistas, fonoaudiólogo e médicos. A análise dos dados apontou a necessidade de aprimorar o processo de referenciamento evidenciando dificuldades na sua efetivação, fortemente relacionadas a: excesso de demanda, falta de tempo do profissional, insuficiência de serviço de média complexidade. A fragilidade de comunicação entre os níveis de atenção provoca uma fragmentação da assistência, com consequente diminuição na resolução dos problemas. Paralelamente, a contrarreferência ocorre quando há excesso de demanda e escassez de vagas no serviço terciário. Conclui-se que a não realização da contrarreferência alimenta falhas no sistema de saúde, prejudicando a integralidade da atenção. A educação permanente da equipe multiprofissional de saúde é necessária para a melhoria do processo.