Keragaman Genetik dan Filogenetik Kepiting Biola (Uca Spp.) di Pesisir Pantai Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat

Abstract

The types of crabs that inhabit coastal and mangrove areas are violin crabs (Uca spp.). The research genetic aspects is important to be able to explain the current status of crabs. The research location in the villages of Payo (geothermal water area) and Tuada (tourist sites). Sampling was done purposively, namely the mangrove area that received the flow of geothermal water sources (Payo Village = 4 samples) and the mangrove area that did not get any influence (Tuada Village = 2 samples). Amplification of Biola crab DNA (Uca Spp.) using primer jgLCO1490 and jgHCO2198 Sequences were analyzed with MEGA5 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) software, genetic distance, DnaSP 4.0 diversity of haplotype (Hd) and nucleotide diversity (π). and Network 4.6 haplotype distribution. Enviromental parameters collected include (temperature, pH land, pH water, salinity and substrate). The results environmental parameters show that differences values at two locations. Identification species crab found family Ocypodidae, genus Uca with species of perplexa, annulipes, crassipes and lactea. The results of genetic matching were found, similar to the results of morphological identification. Genetic diversity was found highly with nucleotides and haplotype varitions. Phylogenetic reconstruction of Uca Spp crabs shows the kinship that occurs between species, although there is a gap (gap) between different species of location. Genetic distance and Fixation Index (Fst) analysis which also shows genetic proximity between species and strong genetic flow between species, despite different locations. Jenis kepiting yang mendiami wilayah pesisir dan mangrove adalah kepiting biola (Uca spp.). Penelitian tentang aspek genetik begitu penting untuk dapat menjelaskan status kepiting saat ini. Lokasi penelitian di desa Payo (Daerah sumber air panas bumi) dan Tuada (Lokasi wisata). Sampling dilakukan secara purposive yaitu area mangrove yang mendapatkan aliran sumber air panas bumi (Desa Payo = 4 sampel) dan tidak mendapatkan pengaruh (Desa Tuada = 2 sampel). Amplifikasi DNA kepiting Biola (Uca spp) menggunakan primer jgLCO1490 dan jgHCO2198 Sekuen dianalisis dengan software MEGA5 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis), jarak genetik, DnaSP 4.0 keanekaragaman haplotype (Hd) dan keanekaragaman nukleotida (π) dan Network 4.6 distribusi haplotipe. Parameter lingkungan diukur meliputi (suhu, pH air, pH tanah, salinitas dan substrat). Hasil pengukuran parameter lingkungan memperlihatkan perbedaan nilai kedua lokasi. Identifikasi jenis kepiting ditemukan famili Ocypodidae, genus Uca dengan spesies perplexa, annulipes, crassipes dan lactea.. Keragaman genetik sangat tinggi dengan jumlah nukleotida dan haplotipe yang bervariasi. Rekonstruksi filogenetik memperlihatkan kekerabatan terjadi antar spesies, meskipun terdapat adanya jarak (Gap) antar spesies yang berbeda lokasi. Analisis jarak genetik dan analisis Fixation Index (Fst) yang juga memperlihatkan adanya kedekatan genetik dan aliran genetik yang kuat antar spesies, meskipun berbeda lokasi.

Species Composition and Density of Uca spp. at Passo Mangrove Ecosystem, Ambon City

“…Demikian juga bila dibandingkan dengan pesisir pantai Jailolo, Halmahera Utara (4 spesies) (Baksir et al, 2022), dan pada kawasan mangrove Jawai, Kabupaten Sambas (5 spesies) (Darwati et al, 2022) Spesies U. perplexa, U. lacteal, dan U. annulipes ditemukan pada semua stasiun, yang mengindikasikan kemampuan yang tinggi dari ketiga spesies terhadap keragaman karakter habitat pada lokasi penelitian, atau dapat dikatakan bahwa karakter habitat pada stasiun penelitian dapat mendukung eksistensi ketiga spesies tersebut. Dalam beberapa penelitian sebelumnya di Indonesia, spesies U. perplexa ditemukan di beberapa daerah diataranya pada ekosistem mangrove Tanjung Tiram Teluk Ambon (Siahainenia, 2021), Donggala Sulawesi Tengah (Aprilyanto et al, 2017), pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021); ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), ekosistem mangrove Mertasari (Indraswari et al, 2017), dan ekosistem mangrove Pantai Panjang Bengkulu (Hasan, 2015). Spesies U.lactea ditemukan di Tanjung Tiram Teluk Ambon (Siahainenia, 2021), perairan pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021); ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), ekosistem mangrove Pantai Panjang Bengkulu (Hasan, 2015), ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019), dan ekosistem mangrove delta Mahakam, Kalimantan.…”

“…Dalam beberapa penelitian sebelumnya di Indonesia, spesies U. perplexa ditemukan di beberapa daerah diataranya pada ekosistem mangrove Tanjung Tiram Teluk Ambon (Siahainenia, 2021), Donggala Sulawesi Tengah (Aprilyanto et al, 2017), pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021); ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), ekosistem mangrove Mertasari (Indraswari et al, 2017), dan ekosistem mangrove Pantai Panjang Bengkulu (Hasan, 2015). Spesies U.lactea ditemukan di Tanjung Tiram Teluk Ambon (Siahainenia, 2021), perairan pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021); ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), ekosistem mangrove Pantai Panjang Bengkulu (Hasan, 2015), ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019), dan ekosistem mangrove delta Mahakam, Kalimantan. Sementara spesies U.annulipes ditemukan pada ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019), perairan pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021), ekosistem mangrove Monta, Bima (Saidah et al, 2021) ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), dan ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019).…”

“…Spesies U.lactea ditemukan di Tanjung Tiram Teluk Ambon (Siahainenia, 2021), perairan pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021); ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), ekosistem mangrove Pantai Panjang Bengkulu (Hasan, 2015), ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019), dan ekosistem mangrove delta Mahakam, Kalimantan. Sementara spesies U.annulipes ditemukan pada ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019), perairan pantai Jailolo, Halmahera (Baksir et al, 2022;Akbar et al, 2021), ekosistem mangrove Monta, Bima (Saidah et al, 2021) ekosistem mangrove Benoa, Bali (Wahyudi et al, 2015), dan ekosistem mangrove Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019). Benoa, Bali Spesies U. mjobergi, U. vocans, dan U. dussumieri hanya ditemukan pada stasiun 1 dan 3.…”

“…Dalam penelitian sebelumnya di Indonesia, spesies U. vocans ditemukan pada beberapa daerah antara lain ekosistem mangrove P. Enggano. Bengkulu (Natania et al, 2017), Monta, Bima (Saidah et al, 2021), Jailolo, Halmahera Utara (Baksir et al, 2022), dan Donggala Sulawesi Tengah (Aprilyanto et al, 2017). Sementara spesies U.dussumieri ditemukan di ekosistem mangrove P. Enggano.…”

“…Sementara spesies U.dussumieri ditemukan di ekosistem mangrove P. Enggano. Bengkulu (Natania et al, 2017), Benoa, Bali (Baksir et al, 2022), Pasir panjang, Bengkulu (Baksir et al, 2022), Delta Mahakam, Kalimatan Timur (Pratiwi, 2007); Monta Bima (Saidah et al, 2021); Jailolo, Halmahera (Akbar et al, 2021), Donggala, Sulawesi Tengah (Aprilyanto et al, 2017), Mertasari (Indraswari et al, 2017, dan Trenggalek, Jawa Timur (Sawitri et al, 2019).…”