Upaya peningkatkan mutu madrasah telah dilakukan dengan berbagai cara. Salah satunya dilakukan oleh Direktorat KSKK, yakni merumuskan tagline madrasah mandiri berprestasi (2021). Semua program dan kegiatan tersebut diarahkan dalam kerangka peningkatan mutu madrasah. Mutu madrasah menyangkut dua hal: mutu standar dan mutu persepsi. Dalam konteks madrasah/sekolah, mutu standar menyangkut akreditasi lembaga. Madrasah bermutu adalah madrasah yang memiliki nilai akreditasi tinggi. Sementara mutu persepsi menyangkut animo masyarakat terhadap madrasah. Mutu persepsi ditunjukkan dengan adanya seleksi dalam penerimaan siswa baru dan jumlah murid yang banyak. Untuk memperolah dua mutu tersebut, tentu madrasah harus menunjukkan performa yang baik, pengelolaan yang baik, serta mampu menunjukkan berbagai prestasi. Beberapa problem umum yang dialami madrasah di Jawa Tengah menyangkut lima hal pokok: (1) Madrasah milik masyarakat, (2) Ekonomi menengah ke bawah, (3) Akreditasi madrasah, (4) Kualitas pembelajaran dan (5) Fungsi ganda madrasah. Alternatif solusi yang ditawarkan adalah (1) penegrian madrasah, (2) penguatan wakaf untuk pendidikan, (3) peningkatan akreditasi madrasah, (4) Penyebarluasan quality madrasah for all, serta (5) keseimbangan fungsi pendidikan dan dakwah. Peningkatan mutu madrasah bermuara pada peningkatan prestasi madrasah. Prestasi madrasah dapat tercapai dengan menghadirkan semangat juang (ruhul jihad) dari keluarga madrasah, khususnya kepala madasah dan guru. Selain motivasi akhirat melalui ruhul jihad, upaya peningkatan mutu madrasah dilakukan melalui jalur duniawi yakni peningkatan kualifikasi dan kompetensi guru dan kepala madrasah secara berkelanjutan.