Isolation and characterization of 11 microsatellite loci from Camellia sinensis in Taiwan using PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA)

Hung, Cheng-Yu; Wang, Kuo-Hsiung; Huang, Chi‐Chun; Gong, Xun; Ge, Xue‐Jun; Chiang, Tzen‐Yuh

doi:10.1007/s10592-007-9391-2

Cited by 25 publications

(13 citation statements)

References 12 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…The standard method for developing microsatellite markers involves the creation of a small-insert genomic library, the subsequent hybridization with tandemly repeated oligonucleotides and the sequencing of candidate clones thus making the process time consuming and labor-intensive (Thiel et al 2003). In tea plant, only a few microsatellite markers have been developed using this strategy (Freeman et al 2004), and some other methods (Kaundun and Matsumoto 2002;Hung et al 2007) to date. An alternative strategy arises from increasing information available in DNA sequence databases.…”

mentioning

confidence: 99%

Generation and characterization of 24 novel EST derived microsatellites from tea plant (Camellia sinensis) and cross-species amplification in its closely related species and varieties

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

A total of 31 expressed sequence tag (EST)-derived polymorphic microsatellites from tea plant, Camellia sinensis (L.) O. Kuntze, were generated and characterized using the ESTs of the author's EST sequencing project and other sources. A set of 40 accessions tea germplasms had been used to examine the diversity. Among the 31 microsatellite loci, 24 had two to eight polymorphic alleles. Observed heterozygosity (H o ) were relatively higher (on an average of 0.533), varying from 0.175 (primer 21) to 0.950 (primer 228). Cross-species polymorphic amplification in other four species and two varieties of section Thea (L.) Dyer genus Camellia L. was successful for the 24 loci. Contribution of the 24 novel EST-SSR primers presented here will provide necessary and powerful molecular tools for management and conservation studies on the tea germplasms in the future.

show abstract

mentioning

confidence: 99%

Generation and characterization of 24 novel EST derived microsatellites from tea plant (Camellia sinensis) and cross-species amplification in its closely related species and varieties

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Với nhiều ưu điểm, chỉ thị SSR được ưa chuộng nhất trong nghiên cứu đánh sự đa dạng genome cũng như phân tích sự đa hình của các gen chức năng ở chè. Đến nay có rất ít chỉ thị SSR được phát triển dựa vào trình tự từ DNA genome chè (Freeman et al, 2004;Hung et al, 2007). Chỉ thị SSR được xác định chủ yếu tập trung vào trình tự EST của các gen đơn bản (Ma et al, 2010;Sahu et al 2012;Sharma et al, 2009;Taniguchi et al, 2012;Zhao et al, 2007).…”

unclassified

Investigation SSR marker from Camellia sinensis growing in Thai Nguyen province

Yen¹,

Nhung²,

Hoan³

et al. 2016

V J Bio

View full text Add to dashboard Cite

1Trường Đại học khoa học, Đại học Thái Nguyên 2 Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam TÓM TẮT: Chỉ thị phân tử SSR (single sequence repeat) được ứng dụng phổ biến trong chọn giống, lập bản đồ các gen có ích, xây dựng bản đồ di truyền, nghiên cứu di truyền liên kết và di truyền quần thể. Trong nghiên cứu này, chúng tôi phân tích đặc điểm kích thước một số đoạn SSR và đánh giá sự đa dạng genome 18 giống/dòng chè thu thập tại địa điểm: xã Tân Cương, Công ty chè Sông Cầu và xã Minh Lập (Đồng Hỷ), Thái Nguyên. Kết quả khuếch đại sản phẩm PCR-SSR với 14 cặp mồi đặc hiệu từ các mẫu chè nghiên cứu đều chỉ ra sự đa dạng trình tự lặp lại của đoạn SSR và đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại. Sử dụng phần mềm NTSYS version 2.1 phân tích sự đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại bằng kỹ thuật PCR-SSR, các giống/dòng chè nghiên cứu được chia thành 2 nhóm chính và có hệ số di truyền sai khác là 0,4 (1-0,6). Đồng thời, trình tự nucleotide của chỉ thị SSR liên quan đến gen mã hóa glyoxalase và sucrose 6-phosphatephosphatase được xác định và phân tích làm cơ sở nghiên cứu chỉ thị phân tử ứng dụng trong chọn tạo giống chè. Kết quả phân tích trình tự nucleotide cho thấy sự khác nhau về motif lặp lại giữa các mẫu chè nghiên cứu và trình tự đã công bố.Từ khóa: Camellia sinensis, đa dạng di truyền, glyoxalase, microsatellite, SSR, sucrose 6-phosphatephosphatase. MỞ ĐẦUChè là thứ nước uống tự nhiên có từ lâu đời, được tiêu thụ rộng rãi, được trồng chủ yếu ở các nước nhiệt đới của châu Á, châu Phi và châu Mỹ La tinh. Theo Wight (1959), chi chè, Camellia, có 3 loài, đó là chè Trung Quốc (Camellia sinensis-China), Ấn Độ (Camellia assamica-Assam) và loài trung gian giữa chè Trung Quốc và Ấn Độ (Camellia assamica lasiocalyx-Campod). Ba loài chè này là nguồn gốc cho hầu hết các loài chè trồng ở các nước trên thế giới hiện nay (Wight, 1959). Thống kê của Min et al. (2007) có khoảng 120 loài chè được trồng ở các nước châu Á, Trung Quốc có tới 97 loài, trong đó chè Camellia sinensis (L) O. Kuntze được phân thành 4 thứ khác nhau, đó là thứ chè Camellia sinensis var. sinensis, C. sinensis var pubilimba, C. sinensis var assamica và C. sinensis var dehungensis (Min et al., 2007). Đặc điểm về giống và chu kỳ sống của chè phức tạp tạo nên một số hạn chế cho chọn tạo và cải tiến giống theo phương pháp truyền thống. Việc phân biệt giữa các thứ chè China, Assmam và Compod gặp khó khăn do tính chất không đồng nhất của chè (Visser, 1996). Do đó, các chỉ thị phân tử ở mức độ DNA được các nhà khoa học quan tâm sử dụng để phát hiện các biến đổi về mặt di truyền.

show abstract

“…assamica (Masters) Kitamura and C. sinensis var.pubilimba Chang, belonging to section Thea (L.) Dyer, genus Camellia L. and family Theaceae, which originated from Yunnan province in southwestern China (Yu 1986;Hasimoto and Takasi 1978). Some studies have been assessed for tea plants using different DNA markers including microsatellite markers, or simple sequence repeat (SSRs) (Hung et al 2008;Kaundun and Matsumoto 2002;Zhao et al 2008). Compared with other fingerprinting, such as RAPD, ALFP, ISSR, microsatellites show numerous advantages since they are locusspecific, codominant, highly reproducible and usually highly polymorphic (Powell et al 1996).…”

mentioning

confidence: 99%

Isolation and characterization of 15 microsatellite markers from wild tea plant (Camellia taliensis) using FIASCO method

Yang

et al. 2009

Conserv Genet

View full text Add to dashboard Cite

Camellia taliensis is one of the most important wild tea plants in China, especially in Yunnan Province. In this study, we described the development of 15 microsatellite markers from the genome of C. taliensis using the protocol of fast isolation by AFLP of sequences containing repeats (FIASCO). Polymorphism of each locus was assessed in 24 samples collected from six wild populations of C. taliensis. The average allele number of the microsatellites was four per locus, ranging from 2 to 7. The observed and expected heterozygosities varied from 0.076 to 0.5833 and from 0.1560 to 0.6917, respectively. Crossspecies amplification in other three tea plants showed eleven of them holding promise for sister species. These polymorphic SSR markers would be useful tools for population genetics studies and assessing genetic variations to establish conservation strategy, molecular identification and molecular breeding on this tea plant and its allied species and varieties in section Thea genus Camellia.

show abstract

Isolation and characterization of 11 microsatellite loci from Camellia sinensis in Taiwan using PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA)

Cited by 25 publications

References 12 publications

Generation and characterization of 24 novel EST derived microsatellites from tea plant (Camellia sinensis) and cross-species amplification in its closely related species and varieties

Generation and characterization of 24 novel EST derived microsatellites from tea plant (Camellia sinensis) and cross-species amplification in its closely related species and varieties

Investigation SSR marker from Camellia sinensis growing in Thai Nguyen province

Isolation and characterization of 15 microsatellite markers from wild tea plant (Camellia taliensis) using FIASCO method

Contact Info

Product

Resources

About