Identification of DNA polymorphism in cultivated groundnut using random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay

Abstract

Construction of a genetic linkage map is necessary to apply marker-assisted selection tools in a crop improvement program. Except for the recent studies from two laboratories, most of the previous studies have shown little or no DNA polymorphism in cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.). In the present study, 70 selected genotypes, representing variability for several morphological, physiological, and other characters, were studied for polymorphism employing random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay with 48 oligonucleotide primers. Of the 48 oligonucleotide primers only 7 (14.6%) yielded polymorphic amplification products. The total number of bands from the 7 primers was 408, of which 27 were polymorphic. Detection of polymorphism in cultivated groundnut opens up the possibility of development of its molecular map by judicious selection of genotypes that show DNA polymorphism. This approach will be useful for developing marker-assisted selection tools for genetic enhancement of groundnut for desirable traits.

Variabilidade genética entre acessos de amendoim

“…A extração de DNA foi realizada com um disco de tecido foliar jovem para todas as amostras, quantidade semelhante obtida por Xavier et al (2005) Em outro estudo, 70 acessos de amendoim, com diferentes características como tolerância à seca, período de maturação, dormência de sementes, massa de 100 sementes, conteúdo de óleo, entre outras, foram analisados com 48 iniciadores randômicos, e apenas sete (15%) iniciadores revelaram polimorfismo (Subramanian et al, 2000). Com uso de outras técnicas para revelar polimorfismo em amendoim, He & Prakash (1997) observaram polimorfismo em: 17 (3%) dos 559 iniciadores DAF (DNA amplification fingerprint); 28 (43%) dos 64 pares de iniciadores AFLP testados; e 15 dos 28 pares de iniciadores AFLP testados.…”

“…Entre os 70 acessos de amendoim analisados por Subramanian et al (2000), para os dois iniciadores que mais diferenciaram os acessos foi observada a variação em 12 e 13 acessos, respectivamente, o que indica que a variabilidade identificada por cada iniciador é baixa, e que se torna necessária a utilização de um elevado número de iniciadores, para a identificação de polimorfismo entre os acessos. No presente trabalho, os iniciadores da UBC amplificaram um número médio de fragmentos superior aos iniciadores da Operon, tanto entre os que revelaram polimorfismo, quanto entre os que produziram perfis monomórficos (Tabela 3).…”

“…Para superar essas limitações, alguns autores aumentaram o número de iniciadores utilizados (Dwivedi et al, 2001;Raina et al, 2001), analisaram acessos de diferentes variedades botânicas (Subramanian et al, 2000;Raina et al, 2001) e, mais recentemente, iniciadores microssatélites têm sido desenvolvidos e utilizados em estudos de diversidade genética, em várias espécies do gênero Arachis (Hopkins et al, 1999;He et al, 2003He et al, , 2005Ferguson et al, 2004;Moretzsohn et al, 2004Moretzsohn et al, , 2005Palmieri et al, 2005;Bravo et al, 2006;Hoshino et al, 2006 …”

“…Marcadores moleculares RAPD têm sido utilizados para estudos de variabilidade genética (Subramanian et al, 2000;Raina et al, 2001;Xavier et al, 2005) para identificação de espécies (Martin et al, 1997), para monitorar a eventual transferência de material genético de espécies diplóides selvagens para o amendoim cultivado (Garcia et al, 2006), para determinar o grau de associação entre a distância genética entre parentes e a performance dos seus híbridos (Dias et al, 2003), e para construção de mapas genéticos de ligação (Menéndez et al, 1997). A técnica do RAPD pode ser eficaz na redução do número de acessos analisados, uma vez que permite a identificação de acessos contrastantes (Xavier et al, 2005).…”

AMELIORATION DES PLANTES Biotechnologies et arachide

“…Il demeure que l'on ne dispose à ce jour, que de cartographies très sommaires sur cette espèce. Le séquençage ne concernant que des fragments chromosomiques importants [8,9], il ne permet aucune interprétation sur l'action individuelle des gènes et de leurs interactions. Dans l'état actuel des connaissances, ces cartes, réalisées à l'aide de marqueurs d'ADN de type AFLP, microsatellites et RAPD, n'ont fourni qu'une seule application en termes d'assistance à un programme de sélection sur l'arachide cultivée.…”