Hypothesis of initiation of DNA methylation de novo and allelic exclusion by small RNAs

MicroRNA-mediated regulation of target genes in several brain regions is correlated to both microRNA-targeting-specific promoter methylation and differential microRNA expression

“…Since there are many TFs known to regulate biological processes in regions of the brain [16-18], it is natural to investigate the combinatorial effects of TFs and miRNA gene regulation in the brain [19,20]. In contrast to what is known about cooperative regulation by miRNA and TFs, investigations of gene coregulation mediated by both miRNA and promoter methylation are limited; however, siRNA-induced promoter methylation in CpG islands has been reported [21-24]. Promoter methylation is generally thought to suppress gene expression [25].…”

5'-CG-3', 5'-CNG-3', 5'-GC-3' and 5'-GNC-3' site localization in microRNA sequences

“…Одним із ав торів цієї ро бо ти раніше вста нов лено, що ди нук ле о ти ди 5'-CG-3' та три нук ле о ти ди 5'-CNG-3' (літе рою N по зна че но будь-який з нук ле отидів) у по слідов нос тях miRNA зустріча ють ся достовірно знач но частіше, ніж у се ред ньо му в ге номі [12,13]. Це да ло підста ву для при пу щен ня, що miRNA гібри ди зу ють ся з ДНК-міше ня ми і вик лика ють у них ме ти лю ван ня de novo за лишків ци то зину у сай тах, ком пле мен тар но зв'я за них з ди нук ле оти да ми 5'-CG-3' та три нук ле о ти да ми 5'-CNG-3', пере бу ва ю чи ми у складі miRNA [13]. Та кож по ка за-но, що де я ка кількість по слідов нос тей miRNA містить два і більше сайтів 5'-CG-3' або 5'-CNG-3' [13].…”

“…Це да ло підста ву для при пу щен ня, що miRNA гібри ди зу ють ся з ДНК-міше ня ми і вик лика ють у них ме ти лю ван ня de novo за лишків ци то зину у сай тах, ком пле мен тар но зв'я за них з ди нук ле оти да ми 5'-CG-3' та три нук ле о ти да ми 5'-CNG-3', пере бу ва ю чи ми у складі miRNA [13]. Та кож по ка за-но, що де я ка кількість по слідов нос тей miRNA містить два і більше сайтів 5'-CG-3' або 5'-CNG-3' [13]. У зв'яз ку з цим, а та кож зва жа ю чи на не пов ну взаємодію miRNA з мішен ню при по сттра нскрипційно му сай лен син гу, по ста ло за вдан ня з'я су ва ти, чи про яв ля ють ся певні зако номірності у ло калізації за зна че них сайтів та у відстані між ни ми.…”

Recombination in immunoglobulin gene loci

“…Îäíèì ³ç àâ òîð³â äà íî¿ ñòàòò³ íå ùî äàâ íî çà ïðîïî íî âà íî ìå õàí³çì RNAi-îïî ñå ðåä êî âà íî ãî òðàíñ -êðèïö³éíî ãî ñàé ëåí ñèí ãó [30,31], ÿêèé ïî ëÿ ãຠâ òî ìó, ùî RNAi ïðî íè êຠó êë³òèí íå ÿä ðî, äå ñêà íóº íóê ëå î òèä íó ïî ñë³äîâí³ñòü ëàí öþã³â ÄÍÊ ó ì³ðó ¿õíüî ãî ðîçïë³òàí íÿ ÐÍÊ-ïîë³ìå ðà çîþ II ïðè òðàíñ êðèïö³¿. Âè ÿ âèâ øè êîì ïëå ìåí òàð íó ä³ëÿí êó ÄÍÊ, RNAi çâ'ÿ çóºòüñÿ ç íåþ ³ ðåê ðó òóº êë³òèí íó ÄÍÊ-ìå òèë òðàí ñôå ðà çó DNMT3, ÿêà ìå òè ëþº â ÄÍÊ de novo öè òî çèí äè íóê ëå î òèä³â 5'-CG-3' òà òðè íóê ëå î òèä³â 5'-CNG-3', ñïàðåíèõ ç àíà ëîã³÷íèìè ñàéòàìè ó ñêëàä³ RNAi [30].…”

“…Àëåëüíå âèê ëþ ÷åí íÿ íàñòຠ÷å ðåç òå, ùî â êë³òèí³, äå ôóíêö³îíó þòü äâà ÷è á³ëüøå àëåë³â ãå íà, êîí öåí òðàö³ÿ ç÷è òà íî¿ ç íèõ miRNA ðà íî ÷è ï³çíî äî ñÿ ãຠð³âíÿ, çà ÿêî ãî ÐÍÊ-ïîë³ìå ðà çà íå âñòè ãຠâ³äîê ðå ìè òè miRNA, ñïà ðå íó ç òðàíñ êðè áî âà íèì ëàí öþ ãîì, äî òî ãî, ÿê âî íà çà ëó ÷èòü ÄÍÊ-ìå òèë òðàí ñôå ðà çó òà ³í³ö³þº íà íå ñåí íÿ ìå òèëü íî¿ ì³òêè íà çâ'ÿ çà íó ä³ëÿí êó ÄÍÊ, ìî äèô³êó âàí íÿ ïðè ëåã ëèõ ã³ñòîí³â ³ ïîä àëüøå ðå ìî äå ëþ âàí íÿ õðî ìà òè íó (ðèñ. 4) [31]. Ó ï³äñóì êó îäèí ç àëåë³â ì³òèòü ñÿ ìàð êå ðà ìè ðåï ðåñ³¿ òà ïå ðå ñòຠç÷è òó âà òè ñÿ, òîä³ ÿê ³íøèé çáåð³ãຠàêòèâ íèé ñòà òóñ.…”