Highly diversified coronaviruses in neotropical bats

Corman, Victor M.; Rasche, Andrea; Diallo, Thierno Diawo; Cottontail, Veronika M.; Stöcker, Andreas; Souza, Breno Frederico de Carvalho Dominguez; Corrêa, Jefferson Ivan; Carneiro, Aroldo José Borges; Franke, Carlos Roberto; Nagy, Martina; Metz, Markus; Knörnschild, Mirjam; Kalko, Elisabeth K. V.; Ghanem, Simon J.; Morales, Karen D. Sibaja; Salsamendi, Egoitz; Spínola, Manuel; Herrler, Georg; Voigt, Christian C.; Tschapka, Marco; Drosten, Christian; Drexler, Jan Felix

doi:10.1099/vir.0.054841-0

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“…These viruses are shown with bat pictograms Fig Fig. 3, because only small sequence fragments reducing the phylogenetic resolution were available (Corman et al, 2013b;Drexler et al, 2010). Still, the sequences from these studies (detailed in Table 1) do not alter the overall picture of bat CoV-associated clades within the genera Alpha-and Betacoronavirus.…”

Section: Coronavirus Phylogenymentioning

confidence: 99%

“…3 branch deeply in the phylogenetic tree and likely represent not only new species, but even new genetic clades. This is exemplified by the unclassified African Hipposideros betacoronaviruses (Pfefferle et al, 2009;Quan et al, 2010;Tong et al, 2009), which putatively represent a yet to be defined Betacoronavirus clade e and unclassified neotropical Carollia and Pteronotus viruses (Corman et al, 2013b) putatively corresponding to additional Betacoronavirus clades. Fig.…”

Section: Coronavirus Phylogenymentioning

confidence: 99%

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Ecology, evolution and classification of bat coronaviruses in the aftermath of SARS

2014

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In 2002/2003, a novel coronavirus (CoV) caused a pandemic, infecting more than 8000 people, of whom nearly 10% died. This virus, termed severe acute respiratory syndrome-CoV was linked to a zoonotic origin from rhinolophid bats in 2005. Since then, numerous studies have described novel bat CoVs, including close relatives of the newly emerging Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV. In this paper we discuss CoV genomic properties and compare different taxonomic approaches in light of the technical difficulties of obtaining full genomic sequences directly from bat specimens. We first present an overview of the available studies on bat CoVs, with details on their chiropteran hosts, then comparatively analyze the increase in bat CoV studies and novel genomic sequences obtained since the SARS pandemic. We then conduct a comprehensive phylogenetic analysis of the genera Alpha- and Betacoronavirus, to show that bats harbour more CoV diversity than other mammalian hosts and are widely represented in most, but not all parts of the tree of mammalian CoVs. We next discuss preliminary evidence for phylogenetic co-segregation of CoVs and bat hosts encompassing the Betacoronavirus clades b and d, with an emphasis on the sampling bias that exists among bat species and other mammals, then present examples of CoVs infecting different hosts on the one hand and viruses apparently confined to host genera on the other. We also demonstrate a geographic bias within available studies on bat CoVs, and identify a critical lack of information from biodiversity hotspots in Africa, Asia and Latin America. We then present evidence for a zoonotic origin of four of the six known human CoVs (HCoV), three of which likely involved bats, namely SARS-CoV, MERS-CoV and HCoV-229E; compare the available data on CoV pathogenesis in bats to that in other mammalian hosts; and discuss hypotheses on the putative insect origins of CoV ancestors. Finally, we suggest caution with conclusions on the zoonotic potential of bat viruses, based only on genomic sequence data, and emphasize the need to preserve these ecologically highly relevant animals. This paper forms part of a symposium in Antiviral Research on "from SARS to MERS: 10years of research on highly pathogenic human coronaviruses".

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Section: Coronavirus Phylogenymentioning

confidence: 99%

Section: Coronavirus Phylogenymentioning

confidence: 99%

Ecology, evolution and classification of bat coronaviruses in the aftermath of SARS

2014

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“…Corman et al (2013) detectaram alphacoronavirus relacionados em Carollia perpicillata do Brasil e da Costa Rica, separados por cerca de 5.600 km de distância. Concordando com o fato, Drexler et al (2010) identificaram coronavírus relacionados à SARS em diferentes espécies de morcegos do gênero Rhinolophid na Europa e na China, concluindo que existe uma associação entre o gênero do hospedeiro e o vírus.…”

Section: Discussionunclassified

“…Diversos trabalhos relatam a falha na tentativa de isolamento, mesmo utilizando uma ampla diversidade de linhagens celulares (TANG et al, 2006;GLOZA-RAUSCH et al, 2008;DREXLER et al, 2010;WATANABE et al, 2010). Mesmo utilizando linhagens de células derivadas de morcegos, o isolamento não é viável e, segundo Hoffmann et al (2013), um dos possíveis fatores é a especificidade dos coronavírus com a espécie ou gênero do hospedeiro como já descrito por outros autores (GLOZA-RAUSCH et al, 2008;DREXLER et al, 2010;CORMAN et al, 2013), fato também observado neste estudo. , 2007).…”

Section: Discussionunclassified

“…Ainda, o ectodomínio S1 é a porção que possui a maioria dos epítopos neutralizantes, induzindo a resposta imune hospedeira podendo ser utilizada como subunidade de vacina contra a infecção por coronavírus ( HE et al, 2005;DU et al, 2009) Os coronavírus usam uma grande variedade de receptores, incluindo os receptores da enzima conversora de angiotensina usada pelo SARS-CoV HOFMANN et al, 2005) e HCoV-NL63; da aminopeptidase N usada pelo TGEV (DELMAS et al, 1992) GLOZA-RAUSCH et al, 2008;MISRA et al, 2009;TONG et al, 2009; OSBORNE et al, 2011;SHIRATO et al, 2012b;CORMAN et al, 2013;LELLI et al, 2013). Dentro desses dois gêneros, novas espécies virais obtidas de morcegos estão sendo determinadas, demonstrando a importância desses animais como reservatórios de coronavírus (DE GROOT et al, 2012).…”

Section: Lista De Ilustraçõesunclassified

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<b>Ocorrência e caracterização molecular de coronavírus e rotavírus do grupo A em quirópteros do Estado de São Paulo</b>

Asano¹

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, pela brilhante orientação, pelos ensinamentos e pela paciência em todos esses anos.Ao prof. Dr. Fábio Gregori, pelos ensinamentos, simpatia e disponibilidade em me ajudar com os rotavírus.Ao prof. Dr. Leonardo José Richtzenhain, pelo exemplo de sabedoria.Ao prof. Dr Fernando Ferreira por sua dedicação com o programa de pós-graduação do VPS.Aos demais professores do VPS, pela agradável convivência.À Aline Hora, minha ex-vizinha, pela ajuda com as reações e quadros, e pela amizade.Aos amigos da pós-graduação Carolina Torres, Juliana Nogueira, Iracema Nunes, Sibele Souza, Paloma Tonietti, Fernanda Dornelas, Katya Ono, Giselle Ayres, Luis Espinosa, pela amizade, pelos bons momentos e por toda ajuda.Às técnicas do LABMAS Sueli Taniwaki e Sheila Silva, pela amizade, orientação técnica e ajuda na realização deste trabalho.Aos funcionários da secretaria do VPS, Cris, Danival, e Virginia.Aos demais pós-graduandos e funcionários do VPS pela agradável convivência. Diversas doenças virais emergentes e re-emergentes têm sido descritas em morcegos. As alterações ambientais provocadas por seres humanos associada a adaptação dos morcegos às áreas urbanas aumentam as chances da transmissão dessas doenças para humanos e animais domésticos. O estudo das coronaviroses associadas a esse hospedeiro tem evidenciado que os morcegos atuam como reservatório dessa doença, enquanto o estudo das rotaviroses ainda foi pouco explorado. Este estudo tem como objetivo verificar a ocorrência de coronavírus e rotavírus em diversas espécies de morcegos do Estado de São Paulo, Brasil, e realizar inferências filogenéticas a partir dos genes RdRp e S dos coronavírus, assim como de genes de proteínas estruturais e não estruturais dos rotavírus. Para tanto, foi utilizada a RT-PCR seguida de sequenciamento de DNA. Para análise filogenética e de diversidade molecular foi utilizado critério de otimização de distância e cálculo das identidades de nucleotídeos e aminoácidos entre as sequências obtidas e sequências recuperadas do GenBank. A ocorrência de coronavírus foi de 2,95% (9/305) e a de rotavírus de 9,18% (28/305). De acordo com a análise filogenética do gene da RdRp oito amostras foram classificadas como alphacoronavirus. A análise do gene S dos CoV mostrou que as amostras deste estudo formaram uma linhagem única, segregadas das demais amostras de alphacoronavírus. Em relação aos rotavírus, foi possível a identificação de um genótipo G3-P[3]-IX-RX-CX-MX-AX-NX-T3-E3-H6, similar a encontrada em morcegos, equinos e humanos. Além disso, outra amostra foi classificada como G20, similar ao genótipo encontrado em humano, sendo que os genótipos encontrados para os genes VP4, NSP3 e NSP5 desse vírus podem ser classificados como novos genótipos. Os resultados obtidos mostram que esses animais podem carrear agentes infecciosos de importância na saúde pública, sendo que mais estudos são necessários para o esclarecimento do papel dos morcegos como reservatório e fonte de infecção destas zoonoses virais. Aos amigos PqCsPalavras-chave: Coronavírus. Rotavírus. Zoon...

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Bat Coronaviruses

and

2015

Bats and Viruses

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Ecology, evolution and classification of bat coronaviruses in the aftermath of SARS

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Bat Coronaviruses

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