A comparative study involving three mesotidal beaches from reflective to estuarine states was conducted between October 2010 and September 2011 in the estuary of Mamanguape River, northeastern Brazil. The aim was to test for differences in fish assemblages along a morphodynamic continuum, particularly the effects of wave action. In total, 3,732 fish from 71 species were examined; Rhinosardinia bahiensis and Atherinella brasiliensis dominated the estuarine beach, whereas Trachinotus carolinus dominated the reflective beach. Fish assemblages were structured by spatial differences among the sites, and overall abundance, richness and biomass demonstrated a clear increasing trend from the reflective to the estuarine beaches, indicating a primary influence of wave exposure in the measured parameters. The Mamanguape River estuary plays a crucial ecological role as a nursery for several species that depend on its resources and have adapted to the high variability of its physical and chemical factors and the diversity of its habitats.Um estudo comparativo envolvendo três praias mesotidais do estado refletivo para o estuarino foi realizado entre outubro de 2010 e setembro de 2011 no estuário do rio Mamanguape, Nordeste do Brasil. O objetivo foi testar as diferenças nas assembleias de peixes ao longo de um continuum morfodinâmico, particularmente os efeitos da ação das ondas. No total, 3.732 peixes de 71 espécies foram examinados; Rhinosardinia bahiensis e Atherinella brasiliensis dominaram a praia estuarina, enquanto Trachinotus carolinus dominou a praia refletiva. As assembleias de peixes foram estruturadas por diferenças espaciais entre locais de amostragem, e a abundância total, riqueza e biomassa demonstraram uma clara tendência crescente da praia refletiva à praia estuarina, indicando uma influência primária de exposição às ondas nos parâmetros medidos. O estuário do rio Mamanguape desempenha um papel ecológico importante como um berçário para várias espécies que dependem de seus recursos e se adaptaram à alta variabilidade de seus fatores físico-químicos e da diversidade de seus habitats.