Genome size variation in Zea mays ssp. mays adapted to different altitudes

Rayburn, A. Lane; Auger, Julie

doi:10.1007/bf00226155

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“…This variation has been in accordance with (Rayburn and Auger, 1990) who found a significant positive correlation between genome size of corn and altitude, suggesting that corn follows the trend of increasing DNA content with increasing altitude. Kron et al (2007) revealed that the individuals of Eryngium duriaei from higher altitudes presented a significantly higher genome size than those belonging to populations from lower altitudes.…”

Section: Ajabssupporting

confidence: 91%

FLOW CYTOMETRIC ANALYSIS OF NUCLEAR DNA BETWEEN OKRA LANDRACES (<i>ABELMOSCHUS ESCULENTUS</i> L.)

Salameh¹

2014

American Journal of Agricultural and Biological Sciences

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Okra Abelmoschus esculentus L. (Moench), is an economically important vegetable crop grown in tropical and sub-tropical as well as Mediterranean countries. The genome size of the Abelmoschus genus species is still rare. Ploidy determinations have traditionally been done by counting chromosomes of stained root tips, but this method is laborious and often difficult with species which have small chromosomes and high ploidy levels and can lead to misclassified. Flow cytometry has been widely used in various aspects of plant research, such as the determination of the DNA nuclear content. Nuclear DNA size of fifteen okra genotype was measured using flow cytometry. The data showed variation between Turkish genotype and Jordanian genotype. Genome size of okra ranged from 3.98 pg 2C −1 in Jordanian landrace to 17.67pg 2C −1 in Turkish landrace. The 2C genome size in Mbp ranged from 3897-17321 among Abelmoschus esculentus genotypes. Further studies is recommended to accurate chromosome count to be linked with the genome size.

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Section: Ajabssupporting

confidence: 91%

FLOW CYTOMETRIC ANALYSIS OF NUCLEAR DNA BETWEEN OKRA LANDRACES (<i>ABELMOSCHUS ESCULENTUS</i> L.)

Salameh¹

2014

American Journal of Agricultural and Biological Sciences

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“…Thus, the most likely explanation for these differences is the differential proliferation (and (or) deletion) of transposable elements among populations. This hypothesis has previously been suggested as the mechanism of genome size variation in various plant species (e.g., Rayburn and Auger 1990;Bennetzen et al 2005) but has not been studied in depth within animals or crustaceans specifically. Transposable elements have been characterized from different crustacean lineages (e.g., Casse et al 2006;Vergilino et al 2013), though their direct contributions to differences in genome size have not yet been quantified.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Patterns of genome size variation in snapping shrimp

Jeffery

Hultgren

Chak

et al. 2016

Genome

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Although crustaceans vary extensively in genome size, little is known about how genome size may affect the ecology and evolution of species in this diverse group, in part due to the lack of large genome size datasets. Here we investigate interspecific, intraspecific, and intracolony variation in genome size in 39 species of Synalpheus shrimps, representing one of the largest genome size datasets for a single genus within crustaceans. We find that genome size ranges approximately 4-fold across Synalpheus with little phylogenetic signal, and is not related to body size. In a subset of these species, genome size is related to chromosome size, but not to chromosome number, suggesting that despite large genomes, these species are not polyploid. Interestingly, there appears to be 35% intraspecific genome size variation in Synalpheus idios among geographic regions, and up to 30% variation in Synalpheus duffyi genome size within the same colony.Key words: Synalpheus, genome size, C-value, polyploidy, gene duplication, chromosome. Résumé :Bien que les crustacés présentent une variation considérable en matière de taille de leurs génomes, peu de choses sont connues sur les liens entre la taille du génome et l'écologie ainsi que l'évolution des espèces au sein de ce large groupe. Cela découle en partie de l'absence de grands jeux de données. Dans ce travail, les auteurs ont étudié la variation pour la taille du génome aux niveaux interspécifique, intraspécifique et intracolonie chez 39 espèces de crevettes du genre Synalpheus, constituant ainsi l'un des plus grands jeux de données sur la taille des génomes au sein d'un seul genre parmi les crustacés. Les auteurs trouvent que la taille du génome va du simple au quadruple chez les Synalpheus, sans pour autant générer un signal phylogénétique ou qu'il y ait de lien avec la taille de l'organisme. Au sein de ce sous-ensemble d'espèces, la taille du génome est corrélée avec la taille des chromosomes mais pas leur nombre, ce qui suggère que les grands génomes ne sont pas le résultat de la polyploïdie de ces espèces. Ce qui est intéressant, c'est qu'il semble y avoir une variation intraspécifique pour la taille du génome de 35 % chez l'espèce Synalpheus idios, en fonction de l'origine géographique des spécimens, et jusqu'à 30 % au sein de spécimens du Synalpheus duffyi provenant de la même colonie. [Traduit par la Rédaction]

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“…Al respecto cabe recordar que diversos trabajos han mostrado importantes variaciones en el contenido de ADN entre poblaciones cultivadas que proceden de diferentes regiones o climas en maíz (Laurie y Bennett, 1985), arroz (Iyengar y Sen, 1978) y soya (Rayburn y Auger, 1990;Rayburn et al, 1997). Sin embargo, antes de llegar a conclusiones definitivas sobre el papel de la reestructuración cromosómica en la evolución de Tamarindus indica se debe reunir más información detallada sobre la extensión de la variabilidad en el número, morfología y longitudes cromosó-micas en el intervalo de su distribución geográfica en poblaciones del Nuevo Mundo, especialmente de México.…”

Section: Discusión Y Conclusionesunclassified

Contribución a la citogenética de Tamarindus indica (Leguminosae: Caesalpinioideae)

2014

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Se utilizó la técnica de splash para analizar las características citogenéticas de Tamarindus indica en meristemos radiculares de semillas provenientes de individuos silvestres y de variedades cultivadas de México. El número cromosómico observado en metafases mitóticas 2n = 2x = 24 concuerda con recuentos anteriores, aunque difiere de otros obtenidos en algunas zonas paleotropicales, por lo que se discute el papel de la disploidía en la evolución del género. La fórmula cariotípica establecida aquí como 16m + 6sm + 2stsat y los tamaños cromosómicos obtenidos confirman que en Caesalpinioideae predominan los cariotipos simétricos y cromosomas de tamaño pequeño (< 3 µm). La constante asociación de los satélites con un nucleolo único confirma que los cromosomas subtelocéntricos (st) son portadores de la región del organizador nucleolar (NOR). Diferencias en las longitudes cromosómicas totales sugieren que las semillas utilizadas para su cultivo en México proceden de regiones geográficas diferentes o bien reflejan un proceso de intensa selección artificial aplicada en las variedades cultivadas. Se requiere evaluar la extensión de la variación en el número y morfología cromosómica en otras poblaciones del Nuevo Mundo.

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Genome size variation in Zea mays ssp. mays adapted to different altitudes

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Patterns of genome size variation in snapping shrimp

Contribución a la citogenética de Tamarindus indica (Leguminosae: Caesalpinioideae)

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