Genetic Variation of X-STRs in the Wichí Population from Chaco Province, Argentina

Abstract

The Wichí people from Chaco Province inhabit the region called Impenetrable Chaqueño, where the climatic conditions are extreme. Besides scarce communication with the main urban centers, the cultural patterns of the Wichí cause these communities to live in certain degree of isolation. The effect of this situation is an increased genetic differentiation from other populations, as it was observed through autosomal and Y chromosome markers. However, the genetic variation of X chromosome has not yet been fully analyzed. The patterns of allele distribution of different markers of X chromosome can be highly informative in comparative studies, because its special features make this chromosome a potential source to uncover ethnic differences. The aim of this study was to assess the variation of X chromosome present in the Wichí population living around Misión Nueva Pompeya, in Chaco Province, and to identify particular variation of X-repetitive markers (short tandem repeats, X-STRs) in Chaco Amerindians. We genotyped Wichí for 10 noncoding X-STRs and compared them with a Mocoví population and with published data on individuals coming from European immigration. We found high homozygote proportion and linkage disequilibrium values for the X chromosome in the Wichí population. The data showed the Wichí to be more distant from nonnative people than was the Mocoví population analyzed for comparison. We also found certain differences with Mocoví, possibly due to a higher genetic flow of the latter with nonnatives. A process of genetic drift seems to be enhanced by the social behavior of the Wichí, since they live apart from other native and nonnative groups. The geographic isolation and the extreme environmental conditions can also be considered as major factors contributing to the population differentiation. Although we found no new allele or undescribed variation, the whole pattern of variation for these markers gives the Wichí a particular population identity.

Analysis of locus D9S1120 and its genetic admixture correlation in seven argentina native american ethnic groups

“…Concerning Mataco‐Guaycurú speakers, in particular the Mocoví community, we observed statistically significant genetic distances between other Gran Chaco inhabitants such as the Toba, Pilagá and Wichi. These results are in concordance with the results at X, Y, and autosomal chromosomes previously analyzed (Catanesi et al, ; Demarchi and Garcia Ministro, ; Demarchi and Mitchell, ; Glesmann et al, ). In contrast, a very small distance was obtained between the Mocoví and Tehuelche, probably due to the similar genotype frequencies.…”

Comparative Study of 10 X-STR Markers in Populations of Northeast Argentina

“…DNA was isolated from buccal cells and peripheral blood samples as in Gemmell and Akiyama (1996). Seven populations were used for comparisons: populations from Entre Ríos, Córdoba, Buenos Aires and Río Negro (Argentina) and Galicia (Spain) reported by Gusmão et al (2009); and Mocoví and Wichí populations from Glesmann et al (2013). The lack of references for African populations in public databases for the STR markers included in this work, prevented us from making comparisons or calculating a possible African contribution.…”

Diversidad genética de la región no pseudoautosómica del cromosoma X en las poblaciones de Corrientes y Misiones: determinación de marcadores poblacionales y marcadores para identificación

“…En el trabajo de Bobillo (2011) donde compararon las frecuencias de 10 X-STR de 200 individuos de la población Argentina con individuos españoles y portugueses, se encontraron diferencias significativas en 7 X-STR con los españoles y en 8 con los portugueses [56]. En el trabajo de Glesmann (2013) mediante el estudio de 10 X-STR en una muestra de 94 individuos de la comunidad Wichi chaqueña, se observó una diversidad genética particular para el cromosoma X, con una alta proporción de homocigotos y elevados valores de DL, producto de la deriva genética que sumado al aislamiento geográfico y las condiciones ambientales extremas otorgó a los Wichí un sentido de identidad poblacional [57]. La variación genética del cromosoma X ha demostrado así ser muy valiosa para estudios poblacionales, pero es aún poco conocida en nuestra región.…”

“…Asimismo, otros procesos de cambio también se ven reflejados en los resultados obtenidos, ya que la comparación de los Mbyá con otras dos poblaciones nativas (Wichi y Mocoví) mostraron diferencias significativas entre sí, remarcando el efecto de la deriva genética. Este efecto es mayor en poblaciones de pequeño tamaño, como es el caso de la mayoría de los pueblos nativos americanos en la actualidad; en ellos ocasiona frecuentemente la pérdida de alelos al azar y la fijación de otros, conduciendo a la diferenciación interpoblacional [29,55,57]. Existen varios ejemplos de los efectos de la deriva génica en nativos americanos, tanto para marcadores no codificantes [94,95,104,57] como codificantes [96,97].…”

“…Este efecto es mayor en poblaciones de pequeño tamaño, como es el caso de la mayoría de los pueblos nativos americanos en la actualidad; en ellos ocasiona frecuentemente la pérdida de alelos al azar y la fijación de otros, conduciendo a la diferenciación interpoblacional [29,55,57]. Existen varios ejemplos de los efectos de la deriva génica en nativos americanos, tanto para marcadores no codificantes [94,95,104,57] como codificantes [96,97]. Más allá del efecto de la deriva genética, se ha descripto en el trabajo de Sala (2010) la singularidad de la población Mbyá que la distingue de otros grupos nativos de la región, en especial en cuanto a marcadores STR autosómicos [15].…”