Genetic variation in three paddlefish (Polyodon spathula Walbaum) stocks based on microsatellite DNA analysis

Kaczmarczyk, Dariusz; Luczynski, M.; Brzuzan, Paweł

doi:10.17221/6269-cjas

Cited by 16 publications

(15 citation statements)

References 23 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…1) [4]. На основі аналізу та співставлення результатів дослідження генетичного поліморфізму штуч-них популяцій веслоноса [6] з природною по-пуляцією цього виду [4] …”

Section: результати й обговоренняunclassified

“…Згідно з аналізом досліджень Kaczmarczyk, за локу-Kaczmarczyk, за локу-, за локу-сом Psp12 для штучних популяцій веслоноса результати не було отримано через виникнення неспецифічних продуктів під час ампліфіка-ції [6]. Проте при дослідженні природної по-пуляції було виявлено 6 алельних варіантів за досліджуваним локусом Psp12 [4].…”

Section: днк-маркерами було визначено середні зна-чення досліджуванихunclassified

“…За локусами Psp18 та Psp29 було виявлено по 4 алельні варіанти. Локуси Psp20 та Psp32 були найменш поліморфними, середня кількість ідентифікованих алелів у цих локусах становила 3 і 2 відповідно [4,6].…”

Section: днк-маркерами було визначено середні зна-чення досліджуванихunclassified

“…При цьому очікувані розміри отрима-них ПЛР-продуктів відповідали діапазону розмірів алелів, які спостерігалися у дослі-джуваних раніше популяцій веслоноса [4,6]. Ампліфіковані фрагменти відрізнялися дещо нижчим рівнем люмінесценції, що вказувало на менш інтенсивне накопичення специфіч-них ПЛР-продуктів за температури відпалу праймерів (Т А ) 58 °С.…”

Section: днк-маркерами було визначено середні зна-чення досліджуванихunclassified

“…тандемні повтори ядерної ДНК, які характеризуються ви-соким рівнем поліморфізму і кодомінантним ха-рактером успадкування, за рахунок чого є ефек-тивними маркерами для проведення популяцій-но-генетичних досліджень живих організмів [1]. На сьогодні для аналізу та оцінки генетичного поліморфізму веслоноса зазвичай застосову-ють вісім мікросателітних ДНК-маркерів, роз-роблених та впроваджених Heist et al з метою вивчення та управління генетичними процеса-ми у природних та штучних популяціях цього виду риб [4,5,6]. Використання мікросателітних ДНК-маркерів є актуальним для вивчення гене-тичної структури українських популяцій весло-носа, оптимізації відтворення та збереження його генофонду, ефективного культивування та підвищення обсягів виробництва цінної осе-трової продукції [10,11].…”

unclassified

See 4 more Smart Citations

Optimization of polymerase chain reaction conditions for studies of paddlefish (Polyodon spathula) microsatellite DNA

Kurta¹,

Malysheva²,

Spyrydonov³

2017

Bìol. Tvarin

View full text Add to dashboard Cite

Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК, Національний університет біоресурсів і природокористування України, вул. Машинобудівників, 7, смт Чабани, Києво-Святошинський р-н, Київська обл., 08162, Україна, info@quality.ua

show abstract

Section: результати й обговоренняunclassified

Section: днк-маркерами було визначено середні зна-чення досліджуванихunclassified

unclassified

See 3 more Smart Citations

Optimization of polymerase chain reaction conditions for studies of paddlefish (Polyodon spathula) microsatellite DNA

Kurta¹,

Malysheva²,

Spyrydonov³

2017

Bìol. Tvarin

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Genetic response to human‐induced habitat changes in the marine environment: A century of evolution of European sprat in Landvikvannet, Norway

Quintela

Richter‐Boix

Bekkevold

et al. 2021

Ecology and Evolution

View full text Add to dashboard Cite

Habitat changes represent one of the five most pervasive threats to biodiversity. However, anthropogenic activities also have the capacity to create novel niche spaces to which species respond differently. In 1880, one such habitat alterations occurred in Landvikvannet, a freshwater lake on the Norwegian coast of Skagerrak, which became brackish after being artificially connected to the sea. This lake is now home to the European sprat, a pelagic marine fish that managed to develop a self‐recruiting population in barely few decades. Landvikvannet sprat proved to be genetically isolated from the three main populations described for this species; that is, Norwegian fjords, Baltic Sea, and the combination of North Sea, Kattegat, and Skagerrak. This distinctness was depicted by an accuracy self‐assignment of 89% and a highly significant FST between the lake sprat and each of the remaining samples (average of ≈0.105). The correlation between genetic and environmental variation indicated that salinity could be an important environmental driver of selection (3.3% of the 91 SNPs showed strong associations). Likewise, Isolation by Environment was detected for salinity, although not for temperature, in samples not adhering to an Isolation by Distance pattern. Neighbor‐joining tree analysis suggested that the source of the lake sprat is in the Norwegian fjords, rather than in the Baltic Sea despite a similar salinity profile. Strongly drifted allele frequencies and lower genetic diversity in Landvikvannet compared with the Norwegian fjords concur with a founder effect potentially associated with local adaptation to low salinity. Genetic differentiation (FST) between marine and brackish sprat is larger in the comparison Norway‐Landvikvannet than in Norway‐Baltic, which suggests that the observed divergence was achieved in Landvikvannet in some 65 generations, that is, 132 years, rather than gradually over thousands of years (the age of the Baltic Sea), thus highlighting the pace at which human‐driven evolution can happen.

show abstract

Using fish hard‐part microchemistry and genetics to quantify population impacts of low‐use lock‐and‐dam structures on the Alabama River

et al. 2023

View full text Add to dashboard Cite

Objective: We used two approaches, fish hard-part microchemistry and genetics, to quantify effects of low-use lock-and-dam structures on riverine fish movement. Each approach varied in temporal scope, with microchemistry addressing effects within a lifetime and genetics addressing effects across generations. Methods:Water samples and individuals of two species (Paddlefish Polyodon spathula and Smallmouth Buffalo Ictiobus bubalus) were collected from four river sections that were separated by three low-use lock-and-dam structures on the Alabama River. Quarterly water samples were collected from 15 sites during 2017-2018, and concentrations of Sr, Ba, Mn, Mg, and Ca were quantified using mass spectrometry.Result: Water elemental signatures were spatially variable but temporally consistent.The Sr:Ca ratios in fish hard parts differed significantly among river sections for both species. Additionally, discriminant function analyses classified fish to their river capture section with accuracy between 55% and 74% for Paddlefish (errors nearly always assigned individuals to adjacent river sections) and 37-47% for Smallmouth Buffalo.Population genetic analyses included fish from each river section, as well as from Alabama River tributaries and a neighboring watershed. Genotyping-by-sequence techniques identified 1,889 and 3,737 single nucleotide polymorphisms postfiltering in Paddlefish and Smallmouth Buffalo, respectively, which we used to estimate population diversity indices and conduct differentiation analyses. Analysis of molecular variance, discriminant analysis of principal components, Bayesian clustering, and pairwise comparisons of F ST values indicated no strong evidence for genetic divergence in either species among river sections. Conclusion:Within-lifespan results based on hard-part microchemistry suggested a potential for population isolation. However, longer-term genetic effects were not apparent, possibly because the life span of these large and relatively long-lived species means that few generations have passed since dam construction, and there could be sufficient mixing or population connectivity to prevent genetic divergence across river sections, particularly at the most downstream structure.

show abstract

Genetic variation in three paddlefish (Polyodon spathula Walbaum) stocks based on microsatellite DNA analysis

Cited by 16 publications

References 23 publications

Optimization of polymerase chain reaction conditions for studies of paddlefish (Polyodon spathula) microsatellite DNA

Optimization of polymerase chain reaction conditions for studies of paddlefish (Polyodon spathula) microsatellite DNA

Genetic response to human‐induced habitat changes in the marine environment: A century of evolution of European sprat in Landvikvannet, Norway

Using fish hard‐part microchemistry and genetics to quantify population impacts of low‐use lock‐and‐dam structures on the Alabama River

Contact Info

Product

Resources

About