No abstract

Routine implementation of genomic information for guiding selection decisions is not yet common in the majority of aquaculture species. Reduced representation sequencing approaches offer a cost‐effective solution for obtaining genome‐wide information in species with a limited availability of genomic resources. In the current study, we implemented double‐digest restriction site‐associated DNA sequencing (ddRAD‐seq) on an Arctic charr strain with the longest known history of selection (approximately 40 years) aiming to improve selection decisions. In total, 1730 animals reared at four different farms in Sweden and spanning from year classes 2013–2017 were genotyped using ddRAD‐seq. Approximately 5000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified, genetic diversity‐related metrics were estimated, and genome‐wide association studies (GWAS) for body length at different time points and age of sexual maturation were conducted. Low genetic differentiation amongst animals from the different farms was observed based on both the results from pairwise F st values and principal component analysis (PCA). The existence of associations was investigated between the mean genome‐wide heterozygosity of each full‐sib family (year class 2017) and the corresponding inbreeding coefficient or survival to the eyed stage. A moderate correlation (−0.33) was estimated between the mean observed heterozygosity of each full‐sib family and the corresponding inbreeding coefficient, while no linear association was obtained with the survival to the eyed stage. GWAS did not detect loci with major effect for any of the studied traits. However, genomic regions explaining more than 1% of the additive genetic variance for either studied traits were suggested across 14 different chromosomes. Overall, key insights valuable for future selection decisions of Arctic charr have been obtained, suggesting ddRAD as an attractive genotyping platform for obtaining genome‐wide information in a cost‐effective manner.

Актуальність. У сучасних умовах розвитку вітчизняної аквакультури рибницькі господарстваУкраїниорієнтованінавиробництвохарчовоїпродукціїдлякомерційної реалізації як на внутрішньому ринку, так і для експорту цінних об'єктів рибництва [1].Насьогоднішнійденьдотакихоб'єктів риборозведення належать представники ряду осетроподібних, у тому числі і веслоніс.Інтенсивнегосподарськевикористання даногооб'єктуобумовленойогобіологічними особливостями та цінними господарськимивластивостями:швидкітемпиросту, висока екологічна пластичність до різних умоввирощування,смаковіякостім'ясата делікатеснаікра[2,3]. ІДЕНТИФІКАЦІЯ АЛЕЛЬНИХ ВАРІАНТІВ МІКРОСАТЕЛІТНОЇ ДНК ВЕСЛОНОСА (POLYODON SPATHULA) У даній роботі було досліджено генетичний поліморфізм мікросателітних локусів ДНК веслоноса (Polyodon spathula) (n = 38) за обраною панеллю маркерів: Psp12, Psp21, Psp26 та Psp28. На основі мікросателітного аналізу за всіма локусами було виявлено 24 алельних варіанти. Найбільшим рівнем поліморфізму характеризувалися локуси Psp26 та Psp28 (по 7 алельних варіантів), а найменшим-локус Psp21 (4 алельні варіанти). Для локусу Psp12 було ідентифіковано два нові алельні варіанти 214 п.н.(5,26 %) та 216 п.н. (34,21 %), а для локусу Psp26-один новий алельний варіант-164 п.н.(7,90 %). Згідно популяційних розрахунків було встановлено, що в даній групі риб переважають особини з гетерозиготними генотипами та спостерігається достатньо високий рівень генетичної мінливості. Ключові слова: веслоніс (Polyodon spathula), мікросателіти, ДНК-маркери, локус, алель, поліморфізм, генетична структура УДК606:62:639.3:639.212 Х. М. КУРТА, молодший науковий співробітник Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК О. О. МАЛИШЕВА, кандидат сільськогосподарських наук, старший науковий співробітник Інститут ветеринарної медицини НААН України Б. О. ГРІШИН, молодший науковий співробітник Інститут рибного господарства НААН України А. А. ГЕТЯ, доктор сільськогосподарських наук, завідувач кафедри генетики розведення та біотехнології тварин Національний університет біоресурсів і природокористування України Л. М. ШИНКАРЕНКО, молодший науковий співробітник Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК В. Г. СПИРИДОНОВ, доктор сільськогосподарських наук, провідний науковий співробітник Інститут ветеринарної медицини НААН України

Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК, Національний університет біоресурсів і природокористування України, вул. Машинобудівників, 7, смт Чабани, Києво-Святошинський р-н, Київська обл., 08162, Україна, info@quality.ua

No abstract

Arctic charr (Salvelinus alpinus) is a niche‐market high‐value species for Nordic aquaculture. Similar to other salmonids, both anadromous and landlocked populations are encountered. Whole‐genome re‐sequencing (22X coverage) was performed on two farmed populations of anadromous (Sigerfjord; n = 24) and landlocked (Arctic Superior; n = 24) origin from Norway and Sweden respectively. More than 5 million SNPs were used to study their genetic diversity and to scan for selection signatures. The two populations were clearly distinguished through principal component analysis, with the mean fixation index being ~0.12. Furthermore, the levels of genomic inbreeding estimated from runs of homozygosity were 6.23% and 8.66% for the Norwegian and the Swedish population respectively. Biological processes that could be linked to selection pressure associated primarily with the anadromous background and/or secondarily with domestication were suggested. Overall, our study provided insights regarding the genetic composition of two main strains of farmed Arctic charr from Scandinavia. At the same time, ample genomic resources were produced in the magnitude of millions of SNPs that could assist the transition of Nordic Arctic charr farming in the genomics era.

No abstract

Х. М. КУРТА, молодший науковий співробітник, О. О. МАЛИШЕВА, кандидат сільськогосподарських наук, старший науковий співробітник В. Г. СПИРИДОНОВ, доктор сільськогосподарських наук, завідувач відділу молекулярно-біологічних досліджень Українська лабораторія якості і безпеки продукції АПК