Genetic polymorphism of fifteen microsatellite loci in Brazilian (blue-egg Caipira) chickens

Abstract

The purpose of this study was to investigate the genetic polymorphism of fifteen microsatellites loci in Brazilian (blue-egg Caipira) chickens. Samples were collected from 100 blue eggs of Caipira chickens from rural properties in the city of Dois Lajeados, RS. After DNA extraction, the fragments related to molecular markers LEI0248, LEI0221, LEI0214, LEI0192, LEI0217, LEI0254, LEI0194, LEI0212, MCW0371, ADL0278, LEI0234, MCW0183, MCW0216, MCW0330 and MCW0081 were obtained by polymerase chain reaction (PCR). The statistical analysis were carried out with the softwares ARLEQUIN 3.5 version and CER-VUS 3.0.3 version. The allelic and genotypic frequencies, deviations from Hardy-Weinberg equilibrium, estimates of observed (HO) and expected (HE) heterozygosity and polymorphic information content (PIC) were obtained for each marker locus. A total of 186 alleles from 15 loci were obtained, with sizes ranging of 83 to 490 base pairs. The medium number of alleles was 12.4, the HE was 0.76±0.14 and HO was 0.49±0.21 and PIC was 0.706. The first conclusion is that the microsatellites used are polymorphic and can be used to genetic studies in chickens. The second is that the "Caipira" chicken (blue eggs) population investigated has a great genic variability, which makes than an important source of genetic resources for future animal breeding programs. Genetic polymorphism of fifteen microsatellite loci in Brazilian (blue-egg Caipira) chickens nhas caipiras de ovos azuis analisada apresenta grande variabilidade gênica, o que as torna uma importante fonte de recursos genéticos, e que poderão, assim, serem utilizadas em futuros programas de melhoramento genético animal.

Caracterização genética e estrutura populacional de galinhas crioulas Canela-Preta

“…Os polimorfismos genéticos apresentam relevância em análises das relações genéticas entre subpopulações de uma espécie (Hartl & Clark, 2010). Estudos com galinhas mostram a importância dos microssatélites em análises de parentesco e diversidade genética, e as informações oriundas desses marcadores microssatélites podem auxiliar no planejamento de cruzamentos tecnificados, reduzindo valores expressivos de taxas endogâmicas e perda de alelos no melhoramento dos animais (Qu et al, 2006;Fonteque et al, 2014 Os valores totais médios da heterozigosidade dos plantéis (Ho: 0,674 e He: 0,887), do presente estudo, de galinhas Canela-Preta foram considerados intermediários. Foram considerados níveis altos aqueles ˃ 0,7, e baixos aqueles ˂ 0,5 (Clementino, 2010).…”

“…Foram considerados níveis altos aqueles ˃ 0,7, e baixos aqueles ˂ 0,5 (Clementino, 2010). Outras pesquisas com galinhas crioulas mostraram níveis baixos de média de heterozigosidade: Ho=0,491 e He=0,756 em galinhas crioulas brasileiras produtoras de ovos azuis (Fonteque et al, 2014); Ho=0,380 e He=0,475 em frangos nativos de Turquia (Kaya & Yildiz, 2008); e Ho=0,5 e He=0,6 em frangos de raças indígenas (Chatterjee et al, 2015). No entanto, foram encontrados níveis altos de heterozigosidade (Ho=0,785 e He=0,687) em ecótipos de galinhas brasileiras (Clementino et al, 2010).…”

“…Contudo, para atender a essa demanda, se fez necessária a busca de aves crioulas adaptadas a cada região. Por conseguinte, as raças crioulas tornaram-se potencialmente lucrativas (Fonteque et al, 2014).…”

“…Existem poucos trabalhos que o comprovem, contudo, é importante a existência de pesquisas científicas que evidenciem esse alto polimorfismo, pois tornariam a manutenção e conservação dessas aves imprescindível. Além disso, o polimorfismo gênico é fonte de alelo para programas de melhoramento genético dos animais de produção (Fonteque et al, 2014).…”

Characterization of Hilly Chickens in Consideration of Climate Change Factors: Light and Heat

“…The phenotypic performance studies (Khan et al, 2004, Khan et al, 2007, Faruque et al, 2010 suggested that the hilly chickens are comparatively better than other native chickens. Although the genetic characterization study using microsatellite marker of different native chicken's populations are available in the literature (Fonteque et al, 2014, Nedup et al, 2012, Zanetti et al, 2010 however, these literatures lack information on hilly chickens of Bangladesh.…”