Frequency and phylogeny of norovirus in diarrheic children in Istanbul, Turkey

Özkul, Ayşe; Kocazeybek, Bekir; Turan, Nuri; Reuter, Gábor; Bostan, Kamil; Yilmaz, Aysun; Altan, Eda; Uyunmaz, Gulsah; Karaköse, Ali Riza; Muratoğlu, Karlo; Elevli, Murat; Helps, Christopher R; Yılmaz, Hüseyin

doi:10.1016/j.jcv.2011.03.004

Cited by 20 publications

(17 citation statements)

References 30 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Ancak bu çalışma için örneklerin toplandığı süre içerisinde herhangi bir gastroenterit salgını olmamıştır. Ülkemizde norovirus (NoV) ile ilgili olarak yapılan çalışmalarda, akut gastroenteritli olgularda prevalans ortalama %15 oranında bildirilmekte ve en sık saptanan genogrubun NoV GII olduğu ifade edilmektedir [31][32][33][34] . Çöl ve arkadaşlarının 35 çalışmasın-da akut gastroenteritli 520 çocuğun 50 (%9.6)'sinde norovirus pozitifliği saptanmış ve bunların %50'sinin 0-24 aylık çocuklar olduğu vurgulanmıştır.…”

Section: Tanımlanan Virusların Toplam öRnek Sayısına Oranı* (N= 50)unclassified

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Akhter¹,

Turegun²,

Kıyan³

et al. 2014

Mikrobiyol Bul

View full text Add to dashboard Cite

ÖZETKüçük çocuklarda ortaya çıkan gastroenteritlerde en sık rastlanılan etkenlerin viruslar olduğu bilinmektedir. Viral gastroenteritlerin klasik etkenleri olan rotavirus, norovirus, adenovirus tip 40/41, astrovirus ve sapovirus gibi virusların yanı sıra son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmelere bağlı olarak yeni tanımlanan bazı pikornavirusların (Aichi virus, parechovirus, enterovirus) da gastroenterit ile ilişkili olabileceği ileri sürülmektedir. Ancak bu virusların direkt olarak gastroenterite neden olup olmadıkları ve hastalıktaki rolleri ile ilgili yeterince veri mevcut değildir. Bu çalışmada, ishalli çocukların dışkı örnekle-rinde rotavirus, norovirus, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus varlığının terstranskriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Haziran-Aralık 2012 tarihleri arasında ishal şikayeti ile hastanemize başvuran, rutin bakteriyolojik ve parazitolojik incelemelerinde patojen etken saptanmayan, 5 yaş altındaki 50 çocuk olguya ait dışkı örneği dahil edilmiştir. Örneklerden RNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, ters transkripsiyon ile elde edilen cDNA'larla öncelikle internal kontrol (İK) ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiş ve 31 örnekte (%62) İK pozitif olarak bulunmuştur. Bu örneklere daha sonra rotavirus grup A ve C, norovirus (NoV) genogrup GI ve GII, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus için özgül primer çiftleri kullanılarak PCR yöntemi uygulanmıştır. Öngörülen büyüklükte elde edilen PCR ürünleri, pBSK vektörüne klonlandıktan sonra dizi analizleri yapılmış ve BLAST programı kullanılarak GenBank veritabanında bulunan ilgili virusların genomlarıyla karşılaştırılarak viruslar tanımlanmıştır. Çalışmada, İK pozitif 31 örneğin 12 (%38.7)'sinde pozitiflik tespit edilmiş; bu örneklerin 6 (%19.3)'sında NoV GII, 2 (%6.5)'sinde NoV GI, 2 (%6.5)'sinde rotavirus grup A, 1 (%3.2)'inde astrovirus ve 1 (%3.2)'inde sapovirus RNA'larının varlığı belirlenmiştir. Çalışılan toplam örnek sayısı dikkate alındığında; en sık rastlanılan etkenin noroviruslar (8/50, %16) olduğu, Geliş Tarihi

show abstract

Section: Tanımlanan Virusların Toplam öRnek Sayısına Oranı* (N= 50)unclassified

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Akhter¹,

Turegun²,

Kıyan³

et al. 2014

Mikrobiyol Bul

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Noroviruses were responsible for 42% of food-borne infections in the United States in 2009 and 2010 (21). There are limited numbers of studies on norovirus gastroenteritis conducted in Turkey (22)(23)(24).…”

mentioning

confidence: 99%

Frequency and molecular characterization of human norovirus in Erzurum, Turkey

Timurkan¹,

Aydın²,

Aktaş³

2017

Turk J Med Sci

View full text Add to dashboard Cite

Background/aim: There are limited studies on genotyping and phylogenetic analysis of norovirus in Turkey, and this has not previously been studied in the Eastern Anatolia region. The aim of the present study was to determine the norovirus profile in this region with genotyping and phylogenetic analysis. Materials and methods:Included in the study were stool samples obtained from 427 people from different age groups in Eastern Anatolia. The nucleic acid samples isolated by the automatic system and nucleic acid sequence reactions and phylogenetic analyses were performed on RNA samples. Results:The presence of norovirus was detected in 86 (20.1%) of the 427 stool samples by RT-PCR analysis. Twenty-six samples selected randomly from norovirus-RNA positive samples were subjected to the sequence reaction. In 24 of the 26 samples, genogroup GII was determined, as well as one each from GI and GIV in sequence reactions. Four different genotypes were detected in genogroup GII, which were determined to be the dominant types. These were GII.1, GII.4, GII.16, and GII.21. The GI.6 and GIV.1 genotypes were determined in genogroups GI and GIV, respectively. Conclusion:The high frequency and genetic diversity of these infections are risk factors for disease and so vaccine studies should be undertaken in consideration of this situation.

show abstract

“…Ülkemizde henüz ulusal aşı takviminde yer almasa da rotavirus aşısının uygulanmaya konması ile birlikte, norovirus vakaları kısmi olarak rotavirus vakalarından daha fazla görülmeye başlamıştır (8,11) . Ülkemizde yapılan çalışma-larda, farklı çalışma gruplarında, norovirus prevalansı % 3.7-42.3 arasında değişmekte-dir (3,4,8,18,22) . Rotavirus üzerinde en fazla çalı-şılan viral gastroenterit etkeni olup ülkemiz ulusal aşı programında olmasa da hastanemizde aileler bilgilendirilerek ailelerin onayı doğrultusunda rotavirus aşısı uygulanmaktadır.…”

Section: Bulgularunclassified

Adenovirus, Norovirus and Rotavirus in Etiology of Children with Acute Gastroenteritis Applying to Istanbul American Hospital

Kayıran¹,

Gürsoy²,

Palaoğlu³

et al. 2017

Ankem Derg

View full text Add to dashboard Cite

ÖZET Anahtar sözcükler: adenovirus, akut gastroenterit, norovirus, rotavirus SUMMARY Adenovirus, Norovirus and Rotavirus in Etiology of Children with Acute Gastroenteritis Applying to Istanbul American HospitalThe most common etiologic agents of gastroenteritis in children are rotavirus, norovirus, astrovirus and adenovirus. In the light of the opinion of etiological changes in the frequency of etiology after rotavirus vaccination, cases with viral gastroenteritis in our region and country in our hospital were evaluated. The analyses of the fresh stool of the study group (474 patients) revealed rotavirus in 17 (3.6 %), adenovirus in 18 (3.8 %) and, norovirus in 27 (5.7 %)

show abstract

Frequency and phylogeny of norovirus in diarrheic children in Istanbul, Turkey

Cited by 20 publications

References 30 publications

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Frequency and molecular characterization of human norovirus in Erzurum, Turkey

Adenovirus, Norovirus and Rotavirus in Etiology of Children with Acute Gastroenteritis Applying to Istanbul American Hospital

Contact Info

Product

Resources

About