Cerca de um quarto da população mundial está infectada por geohelmintos. O objetivo deste trabalho foi investigar a prevalência e os preditores associados às enteroparasitoses em crianças atendidas durante duas décadas. Um estudo retrospectivo foi realizado com crianças (0-18 anos) atendidas no período de 1997 a 2016 por uma instituição pública do Sul do Brasil. A análise dos dados foi realizada utilizando-se o Stata® 9.1. Foram analisados 7.292 registros; a prevalência global foi de 25,5%. A maioria dos registros apresentou infecção por protozoário (69,4%). Os parasitas intestinais mais prevalentes foram Entamoeba coli (9,4%) e Giardia duodenalis (8,9%). Associações estatisticamente significativas (p<0,05) foram encontradas entre parasitas intestinais e variáveis preditoras de sexo e idade. As maiores taxas de infecção foram detectadas em indivíduos de 0 a 4 anos por G. duodenalis (OR 7,2, p<0,001). As menores taxas de infecção foram no grupo 10-14 (OR 1,7, p<0,001). Em todas as faixas etárias, G. duodenalis causou mais infecções e foi mais comum no sexo masculino (OR 1,3; p<0,001).