El confinamiento por COVID-19 obligó a las universidades en México a adoptar la enseñanza remota de emergencia (ERE) para dar continuidad a la educación. En este trabajo se reportan los resultados de la primera de tres fases de una investigación sobre prácticas docentes de profesores de la Universidad Autónoma de la Ciudad de México durante la ERE. Se llevaron a cabo entrevistas con tres profesores y tres estudiantes y sus respuestas fueron analizadas cualitativamente desde la perspectiva teórica del Marco de la comunidad de indagación para verificar la existencia de las distintas presencias que lo conforman: docente, social y cognitiva. Los resultados indican una tendencia más fuerte hacia la instrucción directa en comparación con la facilitación en la presencia docente, lo cual se ve reflejado, entre otros factores, por una carga mayor en el trabajo síncrono en contraposición con el asíncrono. La presencia social refleja pocas oportunidades para la socialización y cohesión grupal, así como una tendencia hacia el trabajo individual sobre el colaborativo. En la presencia cognitiva destaca la conveniencia de fortalecer las habilidades de indagación y la autorregulación de los estudiantes. Se concluye con algunas recomendaciones aplicables tanto a situaciones de ERE como a alternativas educativas multimodales.