O Brasil, país com forte setor agrícola e detentor de 12% da água doce do planeta, tem se destacado mundialmente quanto ao consumo de agrotóxicos. Essas substâncias estão entre os principais efluentes da agricultura, representando um risco para ecossistemas aquáticos. A Portaria nº 888 de 2021 do Ministério da Saúde prevê a obrigatoriedade do monitoramento de agrotóxicos na água fornecida à população brasileira, porém, um reduzido número de municípios cumpre a determinação. Neste sentido, o objetivo do presente estudo é propor um método para a priorização de culturas agrícolas, ingredientes ativos e épocas para o monitoramento de agrotóxicos em mananciais hídricos. Foram utilizados dados de área plantada com culturas agrícolas, sua fenologia e fitossanidade; de comercialização de agrotóxicos e seus parâmetros físicos e químicos; e das condições climáticas do Estado para propor o método. Café, cana-de-açúcar, milho e banana foram indicados como culturas prioritárias no Estado do Espírito Santo. Dos 86 agrotóxicos comercializados no Estado, 54 foram considerados prioritários para monitoramento devido a características relacionadas a maior exposição, como uso, comercialização, dinâmica ambiental favorável, em sua maioria, no período chuvoso do ano. Existem diferenças estatisticamente significativas entre as concentrações de agrotóxicos verificadas na água nos meses prioritários e não prioritários, corroborando com a eficácia do método para a definição de prioridades no monitoramento de agrotóxicos. Assim, é importante destacar o potencial do método para auxiliar Estados, municípios e regiões a selecionarem, priorizarem e monitorarem agrotóxicos em seus mananciais de forma mais assertiva e adaptada às singularidades locais.