Diante da importância do ensino de Bioquímica na formação do futuro cirurgião-dentista, o objetivo é apresentar uma estratégia pedagógica que possibilita a articulação dos conceitos moleculares básicos da disciplina no entendimento da complexidade das doenças bucais e sistêmicas, por meio da análise bioquímica da saliva de pacientes com deficiência cognitiva e física do Centro de Assistência Odontológica à Pessoa com Deficiência (CAOE) da Faculdade de Odontologia de Araçatuba- Universidade Estadual Paulista (UNESP). Para tanto, grupos de cinco estudantes realizaram as análises na saliva, coletada por um cirurgião-dentista do CAOE. Imediatamente após a coleta, foi determinado o fluxo salivar, pH e a capacidade tamponante. Na sequência, a saliva foi centrifugada, fracionada e armazenada a -20 °C até o momento das análises bioquímicas. Durante as aulas práticas, realizaram-se os seguintes ensaios, utilizando kits comerciais: proteína total, α-amilase, fosfatase alcalina, ácido úrico, glicose, aspartato aminotransferase, cálcio e fósforo. Ao final do ano letivo, os estudantes apresentaram relatório contextualizando os resultados com a saúde bucal e sistêmica do paciente. Plantões de dúvidas com monitores e professores auxiliaram na interpretação da ficha de anamnese e nas correlações dos parâmetros clínicos bucais e sistêmicos. Para os estudantes ingressantes, foi a primeira oportunidade de integrar o conhecimento teórico às condições clínicas de um paciente. Conclui-se que a estratégia adotada é viável e pode beneficiar educadores que buscam alternativas que permitam a integração das ciências básicas e clínicas ao ensino de Bioquímica para a Odontologia.