ABSTRAKIkan bandeng, Chanos chanos merupakan salah satu ikan ekonomis penting di Asia. Sejak tahun 1995, di Indonesia sebagian besar benih bandeng diproduksi dari hatchery sekitar Dusun Gondol, Bali Utara baik untuk pasar domestik maupun perdagangan internasional. Dalam rangka meningkatkan kualitas benih, perlu dilakukan perbaikan induk secara genetik menggunakan populasi yang unggul. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan data laju pertumbuhan dan variasi genetik induk ikan bandeng yang berasal dari lokasi perairan Aceh, Bali, dan Gorontalo. Pertumbuhan ikan bandeng diamati melalui pengukuran panjang dan bobot benih hingga ukuran 500 g (calon induk), serta variasi genetik diamati menggunakan metode RFLP DNA. Benih dan calon induk masing-masing dianalisis sebanyak 15 ekor. Hasil pengamatan pertumbuhan ikan bandeng mulai dari benih hingga menjadi calon induk, menunjukkan bahwa ikan bandeng dari Aceh dan Bali mempunyai pertumbuhan panjang dan bobot yang relatif lebih tinggi dibandingkan dengan ikan bandeng dari Gorontalo, walaupun secara statistik tidak berbeda nyata (P<0,05). Hasil analisis variasi genetik terdapat lima komposit haplotipe dari empat enzim restriksi yaitu Mbo I, Hae III, Hha I, dan Nla IV pada sekuens cytochrome-b. Jumlah rata-rata restriction site adalah 1-3 haplotipe. Populasi Aceh dan Bali memiliki nilai keragaman genetik yang lebih rendah (0,080 dan 0,000) dibandingkan dengan calon induk dari benih Gorontalo (0,115).