Este estudio introduce un test de bootstrap de comparación de medianas, robusto a valores atípicos, para establecer si existen diferencias año a año, de 2011 a 2018, entre el desempeño financiero de las pymes exportadoras y no exportadoras de un país emergente como Colombia. Se encontró que las pymes exportadoras presentan mejores indicadores contables básicos de ventas, activos y utilidades, además de un mejor ROA y un mejor ROE, pero menor liquidez y mayor endeudamiento. En cuanto al margen de utilidad neta, se encontró también que este indicador fue igual entre ambos tipos de empresas en 2011 y 2012, pero se ha ido deteriorando con el paso del tiempo en las pymes exportadoras, lo que podría sugerir problemas de competitividad.