Jedním z významných faktorů ovlivňujících ekonomickou efektivnost je vhodná kapitálová vybavenost podniků. V případě správného nastavení kapitálové struktury, přesněji řečeno poměru vlastního kapitálu a cizího kapitálu, je třeba vzít v úvahu několik faktorů, které působí na strukturu kapitálu, například různé zdroje financování. Hlavním cílem této práce je analyzovat vývoj struktury kapitálu a kapitálové disparity v zemědělských družstvech v rámci čtrnácti krajů České republiky pro časovou řadu 2009-2013. Pro tuto analýzu jsou použity ukazatele zadluženosti a metody komparativní statiky. Data jsou získána a zpracována z databáze podniků Albertina. Finanční a ekonomická krize snížila dluhové finanční indikátory, stejně tak i indikátory zisku. Kapitálová disparita mezi regiony na konci sledovaného období se zdá nezměněna. Obvykle Praha jako region s nejvyšším HDP na obyvatele během sledovaného období vykazuje extrémní hodnoty většiny indikátorů a vyšší odchylky v dluhových finančních indikátorech a nižší v indikátorech ziskovosti. Vliv indikátorů kapitálové struktury na ziskovost družstev se zdá nevýznamný během sledovaného období.