Dual polarization interferometry size and density characterisation of DNA immobilisation and hybridisation

Sensitive and selective DNA detection based on the combination of hairpin-type probe with endonuclease/GNP signal amplification using quartz-crystal-microbalance transduction

“…To avoid significant difficulties encountered with conventional protocols, DNA sequence detection and single-nucleotide polymorphism identification [6] have been extensively exploited in application fields as well as in basic biological sciences. A variety of measurement techniques, including electrochemical (such as amperometric [7][8][9], potentiometric [10,11], chronocoulometric [12,13] and impedimetric [14][15][16][17] measurements), optical (e.g., fluorescence [18][19][20][21], surface-enhanced Raman scattering spectroscopy [22], chemiluminescent measurement [23], dual polarization interferometry [24], colorimetric detection [25] and surface plasmon resonance [26,27]), acoustic [28,29] and piezoelectric [30,31] transductions, have been employed to develop DNA biosensors. Among them, the piezoelectric sensing strategy based on quartz crystal microbalance (QCM) have proved to be a promising tool for the detection of DNA sequence due to its simplicity, cost effectiveness, easy operation and high mass sensitivity [32,33].…”

Direct and label-free monitoring oligonucleotide immobilization, non-specific binding and DNA biorecognition

“…31 Results of the target binding are shown in Table 4, for the different blocking agents assayed. 32 Regarding hybridization data, no blocking or the use of mercaptoethanol led to non-33 specific binding, but specific values were higher than control ones, so there was a net signal 34 corresponding to hybridization. The net values were 0.190 and 0.220 nm thickness, and 120 35 and 140 pg/mm 2 mass, for no blocking and mercaptoethanol, respectively.…”

Estudio de estrategias de inmovilización de biomoléculas sobre soportes rígidos para aplicación en microbiosensores

“…El resto de las superfices (PMMA, PMMA1 y PMMA3) presentaron valores de fluorescencia despreciables respecto a PMMA2 y PMMA4, a excepción de PMMA3, debido a las interacciones entre el grupo amino en su forma protonada (pk b =3-4) y los grupos fosfato cargados negativamente que contienen los oligos (pK a1 = 2,1, pK a2 = 7,12, pK a3 = 12,7, valores relativos al ácido fosfórico 240,241 ). Para comprobar la naturaleza de la unión se realizó un lavado con HCl diluído, tras el cual se observó la desaparición total de la señal para el PMMA3, corroborando que la unión de oligonuclétido es debida a interacciones de carácter débil (Figura 23).…”

“…(Figura 25b), probablemente debido a que el oligonucleótido marcado se queda retenido mediante interacciones débiles (a través de los grupos fosfatos cargados negativamente del oligo sobre la superficie protonada de los grupos amino) 240,241 , a diferencia de PC3 donde se produce la unión covalente entre el grupo amino del oligo y los grupos aldehído de la superficie mediante la formación de una base de…”

“…Probablemente, ello se debe a que una alta densidad de oligonucleótido inmovilizado provoca un impedimento estérico (dificultando el acceso del oligonucleótido de cadena complementaria) y un aumento de las interacciones electrostáticas, lo que puede incrementar la adsorción inespecífica alrededor de la zona de ensayo 240,247 . 132 rendimiento de hibridación del 20%.…”