Distinct changes in the real-time PCR detectability of certain SARS-CoV-2 target sequences

Abstract

Elsevier has created a COVID-19 resource centre with free information in English and Mandarin on the novel coronavirus COVID-19. The COVID-19 resource centre is hosted on Elsevier Connect, the company's public news and information website.Elsevier hereby grants permission to make all its COVID-19-related research that is available on the COVID-19 resource centre -including this research content -immediately available in PubMed Central and other publicly funded repositories, such as the WHO COVID database with rights for unrestricted research re-use and analyses in any form or by any means with acknowledgement of the original source. These permissions are granted for free by Elsevier for as long as the COVID-19 resource centre remains active.

Does the E gene provide additional information in SARS-CoV-2 PCR?

“…The difference might originate from that the PCR detects any compatible transcript, including mRNAs. The dynamic changes in the proportions of these are coherent with the stage of the infection, as we also detected previously [7], and the presence of the RdRp transcript might rather indicate active replication. According to these results, the lone E gene positivities with high Ct values in our asymptomatic patients might be of questionable clinical relevance.…”

Validation of real-time RT-PCR for detection of SARS-CoV-2 in the early stages of the COVID-19 outbreak in the Republic of Korea

“…Additional protocols were subsequently reported by the Chinese Center for Disease Control and Prevention, the University of Hong Kong, and the Centers for Disease Control and Prevention of the United States 13 . The assay targets the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene, as well as the E and N genes 14 . Published protocols differ based on the target genes, primer and probe sequences, mixture composition, amplification conditions, sensitivity, and the requirement for Emergency Use Authorization (EUA)-approved reagents.…”

A SARS-CoV-2-járvány kihívásai és tapasztalatai a molekuláris diagnosztikában

“…A járvány első hulláma alatt az első PCR-kit (genesig Coronavirus [COVID-19], Primerdesign Ltd., London, Egyesült Királyság), amelyet a rutindiagnosztikában alkalmaztunk, kizárólag az ORF1ab-régiót detektálta. Ahogy palettánk a későbbiekben kiegészült a Hybribio HBRT-COVID-19 (Hongkong, Kína) (RdRp és N gének), illetve az Allplex SARS-CoV-2 Assay (Seegene Inc., Szöul, Koreai Köztársaság; N, E és RdRp, illetve a későbbi változatban N, E és RdRp + S célgének) PCR-kitekkel, megfigyeltük, hogy viszonylag gyakori az RdRp/ ORF1ab nélkül mutatkozó N-gén-pozitivitás, amely a vírusreplikáció ismert folyamatába illeszkedve a zajló fertőzés későbbi szakaszának felelhet meg [4]. Azonos betegtől származó ismételt mintavétel esetén megfigyeltük, hogy az N-gén kimutathatósága, így feltételezhetően transzkripciója a fertőzés során stabil marad, míg az ORF1ab/RdRp jellegzetesen csökken a fertőzés későbbi szakaszában [4].…”

“…Ahogy palettánk a későbbiekben kiegészült a Hybribio HBRT-COVID-19 (Hongkong, Kína) (RdRp és N gének), illetve az Allplex SARS-CoV-2 Assay (Seegene Inc., Szöul, Koreai Köztársaság; N, E és RdRp, illetve a későbbi változatban N, E és RdRp + S célgének) PCR-kitekkel, megfigyeltük, hogy viszonylag gyakori az RdRp/ ORF1ab nélkül mutatkozó N-gén-pozitivitás, amely a vírusreplikáció ismert folyamatába illeszkedve a zajló fertőzés későbbi szakaszának felelhet meg [4]. Azonos betegtől származó ismételt mintavétel esetén megfigyeltük, hogy az N-gén kimutathatósága, így feltételezhetően transzkripciója a fertőzés során stabil marad, míg az ORF1ab/RdRp jellegzetesen csökken a fertőzés későbbi szakaszában [4]. Bár átfogó, nagy esetszámú összehasonlítást nem végeztünk, egyedi esetekben sor került egyes minták ismételt mérésére más PCR-kittel: öt, Allplex kittel kizárólag N-gén-pozitív minta (Ct [cycle threshold] mindegyik esetben >35) közül a genesig ORF1ab PCR-kit csak kettő esetében adott pozitív eredményt (nem publikált adat).…”