Disease proteomics

Hanash, Samir M.

doi:10.1038/nature01514

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“…Studying these events is a challenging area because of the dynamics of the cellular proteome and the sensitivity of the molecules of interest to fluctuations in their natural surroundings. Recently, imaging mass spectrometry (IMS) has been recognized as a proteomic tool for in situ spatial analysis of (diseased) tissue [9,10]. Matrixassisted laser desorption/ionization (MALDI) MS has been shown to be able to determine the localization of native biomolecular components like proteins and peptides in tissue [11][12][13][14][15].…”

mentioning

confidence: 99%

Imaging of peptides in the rat brain using MALDI-FTICR mass spectrometry

Taban

Altelaar

Burgt

et al. 2007

J. Am. Soc. Mass Spectrom.

148

136

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Analytical methods are pursued to measure the identity and location of biomolecules down to the subcellular ( m) level. Available mass spectrometric imaging methods either compromise localization accuracy or identification accuracy in their analysis of surface biomolecules. In this study, imaging FTICR-MS is applied for the spatially resolved mass analysis of rat brain tissue with the aim to optimize protein identification by the high mass accuracy and online MS/MS capabilities of the technique. Mass accuracies up to 6 ppm were obtained in the direct MALDI-analysis of the tissue together with a spatial resolution of 200 m. The spatial distributions of biomolecules differing in mass by less than 0.1 Da could be resolved, and are shown to differ significantly. Online MS/MS analysis of selected ions was demonstrated. A comparison of the FTICR-MS imaging results with stigmatic TOF imaging on the same sample is presented. To reduce the extended measuring times involved, it is recommended to restrict the FTICR-MS analyses to areas of interest as can be preselected by other, faster imaging methods. (J Am Soc Mass Spectrom 2007, 18, 145-151)

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confidence: 99%

Imaging of peptides in the rat brain using MALDI-FTICR mass spectrometry

Taban

Altelaar

Burgt

et al. 2007

J. Am. Soc. Mass Spectrom.

148

136

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“…It is likely that there also are epigenetic factors involved in regulating the gene transcription of critical immune‐related genes, which adds further complexity to the pathogenesis of R. equi pneumonia in foals. Future proteomic studies also will be required to follow‐up on promising genetic findings as protein concentrations, structures, and interactions are critical to disease development 96. Proteomic studies may be able to answer critical questions such as protein concentrations in diseased and nondiseased foals and variable consequences related to protein concentrations and their interactions, which cannot be answered with molecular genetic techniques and sequencing.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Genetic Susceptibility to Rhodococcus equi

McQueen

Dindot

2015

Veterinary Internal Medicne

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Rhodococcus equi pneumonia is a major cause of morbidity and mortality in neonatal foals. Much effort has been made to identify preventative measures and new treatments for R. equi with limited success. With a growing focus in the medical community on understanding the genetic basis of disease susceptibility, investigators have begun to evaluate the interaction of the genetics of the foal with R. equi. This review describes past efforts to understand the genetic basis underlying R. equi susceptibility and tolerance. It also highlights the genetic technology available to study horses and describes the use of this technology in investigating R. equi. This review provides readers with a foundational understanding of candidate gene approaches, single nucleotide polymorphism‐based, and copy number variant‐based genome‐wide association studies, and next generation sequencing (both DNA and RNA).

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“…Ein weiterer Ansatz ist die Untersuchung des Proteinprofils von Tumoren mittels proteomischer Techniken (zweidimensionale Gelelektrophorese und Massenspektrometrie) von Gewebe oder Körperflüssigkeiten. Aufgrund seiner im Vergleich zum Genom deutlich höheren Komplexität und Flexibilität kann das Proteom, das Proteinäquivalent des Genoms, als sensitive Sonde für Verände-rungen im Gesundheitszustand der Zelle verwendet werden [4,8]. Beim Menschen stehen einer Anzahl von etwa 40.000 Genen geschätzt mehr als 500.000 Proteine gegenüber [1].…”

Section: Mehrparametrische Ansätze Für Die Diagnose Und Prognosebestiunclassified

Stand des Wissens zur molekularen Pathologie des Urothelkarzinoms

et al. 2010

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Hauptreferate: Molekulare TumorpathologieIm Kontext der Änderung der WHOKlassifikation aus dem Jahre 2004 wurde die Einteilung des Gradings in "Low-" und "High-grade-Tumoren" mit dem Begriff der genetischen Stabilität bzw. Instabilität namentlich und inhaltlich untermauert [7,12]. Insbesondere war bis dahin durch molekulargenetische Daten aus dem Tumorgewebe deutlich geworden, dass die nichtinvasiven High-grade-Tumoren häufig p53-und p16-Mutationen aufweisen und oft als Zeichen der genetischen Instabilität auch eine Aneuploidie zeigen.Für die flachen urothelialen Läsionen wurde gleichartig festgelegt, dass die genetisch instabile Zelle oder Zellgruppe auch ohne vollständige Schichtungsstö-rung des Urothels schon eine High-gradeLäsion ist. Damit wird der genetisch instabilen Zelle, die mikroskopisch als hyperchromatische unreifere Zelle erkennbar ist, eine wesentliche diagnostische Bedeutung gegeben, die die Therapieentscheidung des Urologen beeinflusst. Hingegen zeigen die nichtinvasiven Low-grade-Tumoren überwiegend Chromosom-9-Deletionen und -Mutationen.Die WHO-Klassifikation wurde als Arbeitsklassifkation bezeichnet, und es gilt, den genetisch stabilen Tumor vom genetisch instabilen Tumor weiter abzugrenzen. Wesentliche neue Erkenntnisse kommen durch Daten zum Verteilungsmuster der FGFR3-Mutationen, durch transgene und "Knock-out-Modelle" und den Versuchen, die Stammzellen zu identifizieren. FGFR3Der Neue Erkenntnisse aus MausversuchenZu den Beobachtungen der Verteilung von FGFR3-Mutationen gibt es eine Parallele aus transgenen Mausmodellen und Knock-out-Maussystemen. Wenn das HRas-Gen konstitutiv aktiviert wird, entsteht in der Mausharnblase eine Hyperplasie des Urothels, die in Abhängigkeit von der Stärke der Genaktivierung zu papillären Low-grade-Tumoren fortschreitet, die nicht progredient werden [18].Bei einigen Mutationen des FGFR3-Gens kann es zur konstitutiven "Down-streamAktivierung" von ras-GTPase kommen, dessen Resultat dem der H-Ras-Mutation identisch ist und sich im Mausversuch gegenseitig ausschließt (. Abb. 1 a).Wichtig für das Verständnis der Tumorentstehung allgemein ist, dass das normale Urothel durch die Proteine der Retinoblastomgenfamilie besonders geschützt ist. Hierbei handelt es sich sowohl um das pRB-Protein selbst als auch um p107 und p130. Diese Proteine werden über die gesamte Höhe des Urothels exprimiert und sind eine Erklärung dafür, dass das normale Urothel eine niedrige "Turnover-Rate" von 200 Tagen hat. Dabei ist es auch faszinierend, dass die normale Deckzelle nicht nur vor toxischen Substanzen im Urin schützt, sondern auch verhindert, dass die im Urin relativ hoch konzentrierten Wachstumsfaktoren der Tyrosinkinasefamilie (insbesondere der epidermale Wachstumsfaktor/EGF) an die Basalzellen herankommen, die die einzige Zellpopulation mit dem EGF-Rezeptor im Urothel ist [14].Kommen wir zurück zum Schutz durch die Retinoblastomgen-Proteine, dann wird verständlich, dass sowohl eine alleinige p53-Mutation als auch eine p53-und pRB-Mutation nicht mit invasivem Wachstum im Mausmode...

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Disease proteomics

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Imaging of peptides in the rat brain using MALDI-FTICR mass spectrometry

Imaging of peptides in the rat brain using MALDI-FTICR mass spectrometry

Genetic Susceptibility to Rhodococcus equi

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