Diagnostic value of a semi-nested PCR for the diagnosis of mucormycosis and aspergillosis from paraffin-embedded tissue: A single center experience

Drogari‐Apiranthitou, Maria; Panayiotides, Ioannis G.; Galani, Irene; Konstantoudakis, Stefanos; Arvanitidis, Georgios; Spathis, Aris; Gouloumi, Alina‐Roxani; Tsakiraki, Zoi; Tsiodras, Sotirios; Petrikkos, George

doi:10.1016/j.prp.2016.02.010

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“…Most of our biopsies contained many hyphae that could have increased the PCR yield. However, in some cases, due to the presence of PCR inhibitors in the extracted DNA and lower concentrations of fungal DNA, there was no PCR yield . In our study, to validate the DNA extraction and PCR assay, they were repeated with 1‐2 cut pieces.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Identification of Mucorales in patients with proven invasive mucormycosis by polymerase chain reaction in tissue samples

Gholinejad-Ghadi

Shokohi

Seifi

et al. 2018

Mycoses

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Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Identification of Mucorales in patients with proven invasive mucormycosis by polymerase chain reaction in tissue samples

Gholinejad-Ghadi

Shokohi

Seifi

et al. 2018

Mycoses

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“…Studies have shown that molecular identification of mucormycosis is accurate, using the ITS region of the ribosomal DNA as a first-line sequencing target for the identification of Zygomycete organisms in pure culture 117 . When no culture is available, PCR assays on fresh or FFPE tissues can identify and discriminate between agents of aspergillosis and mucormycosis 118 – 123 . These techniques are not yet standardized but provide a promising tool for the identification of fungal agents.…”

Section: Rare Moldsmentioning

confidence: 99%

Rare fungal infectious agents: a lurking enemy

2017

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In the expanding population of immunocompromised patients and those treated in intensive care units, rare fungal infectious agents have emerged as important pathogens, causing invasive infections associated with high morbidity and mortality. These infections may present either as de novo or as breakthrough invasive infections in high-risk patients with hematologic malignancies receiving prophylactic or empirical antifungal therapy or in patients with central venous catheters. Diagnosis and treatment are challenging. Physicians should have a high index of suspicion because early diagnosis is of paramount importance. Conventional diagnostic methods such as cultures and histopathology are still essential, but rapid and more specific molecular techniques for both detection and identification of the infecting pathogens are being developed and hopefully will lead to early targeted treatment. The management of invasive fungal infections is multimodal. Reversal of risk factors, if feasible, should be attempted. Surgical debridement is recommended in localized mold infections. The efficacy of various antifungal drugs is not uniform. Amphotericin B is active against most yeasts, except Trichosporon, as well as against Mucorales, Fusarium, and some species of Paecilomyces and dimorphic fungi. The use of voriconazole is suggested for the treatment of trichosporonosis and scedosporiosis. Combination treatment, though recommended as salvage therapy in some infections, is controversial in most cases. Despite the use of available antifungals, mortality remains high. The optimization of molecular-based techniques, with expansion of reference libraries and the possibility for direct detection of resistance mechanisms, is awaited with great interest in the near future. Further research is necessary, however, in order to find the best ways to confront and destroy these lurking enemies.

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“…Deste modo, a aplicação da PCR em tempo real (qPCR) é atrativa como escolha para o diagnóstico clínico, não somente por fornecer os resultados em menor tempo, mas também por ser técnica com sensibilidade elevada e de "sistema fechado", o que minimiza possíveis contaminações externas (Salehi et al, 2016). (Bialek et al, 2005;Dannaoui et al, 2010;Muñoz-Cadavid et al, 2010;Buitrago et al, 2013;Frickmann et al, 2015;Drogari-Apiranthitou et al, 2016). (Lau et al, 2007;Gade et al, 2017).…”

Section: Amplificações Das Amostras De Dna Extraídas Dos Tecidos a Frunclassified

“…Assim, amplificações de sequências gênicas de tamanho abaixo de 300 pares de base são as mais adequadas para serem detectadas pelas técnicas moleculares (Hata et al, 2008 (Bialek et al, 2005;Buitrago et al, 2013;Drogari-Apiranthitou et al, 2016). Por outro lado, as amplificações pelos ensaios de PCR para a detecção de Fusarium spp.…”

Section: Amplificações Das Amostras De Dna Extraídas Dos Tecidos a Frunclassified

“…Rickerts et al, empregando o mesmo ensaio de PCR utilizado porBialek et al (2005), compararam os resultados desta técnica com as culturas e os exames histopatológicos, realizados em 56 biópsias de pacientes imunocomprometidos, com suspeita de infecção por fungos filamentosos. O estudo mostrou que foi possível elevar o diagnóstico de 63% de positividade utilizando apenas as culturas, para 96% com o uso da PCR em tecidos cujos exames histopatológicos detectaram presença de hifas.Mais recentemente,Drogari-Apiranthitou et al (2016), também utilizando os mesmos primersde Bialek et al (2005) e a PCR semi-nested, avaliaram a técnica para detectar Aspergillus e mucoráceos em 20 amostras de tecidos parafinados; nestes, haviam sido visualizados fragmentos de hifas hialinas nos exames histopatológicos, sem, entretanto, diferenciar os dois grupos de patógenos.…”

unclassified

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PCR em tempo real na detecço e discriminação de Aspergillus fumigatus, Rhizopus arrhizus e Fusarium solani em biópsias obtidas de infecções invasivas em modelo experimental murino

Felix¹

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À minha orientadora, Profa. Dra. Gilda Maria Barbaro Del Negro, pela oportunidade, confiança, ensinamentos, constante suporte durante todo o processo, sendo meu porto seguro e principalmente pela amizade que construímos durante este período. Esse trabalho não seria possível sem você ao meu lado. À Dra.Vera Lúcia Teixeira de Freitas pela paciência, confiança, orientação, companheirismo, ensinamentos, amizade, apoio durante uma fase árdua do Mestrado. Muito obrigado. Ao Dr. Amaro N D Neto pela paciência, amizade e pelos ensinamentos, sendo fundamental durante o período das análises histopatológicas. Ao Prof. Dr. Gil Benard e Prof. Dr. Carlos Pelleschi Taborda pelo suporte durante a realização do Mestrado, disponibilizando o Laboratório de Micologia Médica-LIM-53 para realização dos experimentos. Ao Dr. João Nóbrega de Almeida Junior pela colaboração e amizade. À Dra. Viviane Mazo Fávero Gimenes pela confiança desde o meu primeiro contato com o grupo do LIM-53, sendo fundamental no meu início na vida de pósgraduação. À Ms. Roseli Santos Freitas por compartilhar a sabedoria e paixão em estudar cada detalhe da micologia médica. À Ms. Mônica Scarpelli Martinelli Vidal pela amizade e por oferecer tardes mais leves, compartilhando músicas durante os experimentos. Ao Dr. Mauro Cintra Giudice pelos ensinamentos fundamentais em Micologia Médica. Aos funcionários do LIM-53, Dona Antônia, Sônia Cristina Cavalcante e Fábio Lorenzo pelo carinho e amizade.

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Diagnostic value of a semi-nested PCR for the diagnosis of mucormycosis and aspergillosis from paraffin-embedded tissue: A single center experience

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Rare fungal infectious agents: a lurking enemy

PCR em tempo real na detecço e discriminação de Aspergillus fumigatus, Rhizopus arrhizus e Fusarium solani em biópsias obtidas de infecções invasivas em modelo experimental murino

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